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- PDB-3ebq: Crystal structure of human PPPDE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebq
タイトルCrystal structure of human PPPDE1
要素MOLECULE: PPPDE1 (PERMUTED PAPAIN FOLD PEPTIDASES OF DSRNA VIRUSES AND EUKARYOTES 1), UPF0326 protein FAM152B
キーワードHYDROLASE / PEPTIDASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / THIOL PROTEASE / UBL CONJUGATION PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / importin-alpha family protein binding / deSUMOylase activity / protein desumoylation / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein export from nucleus / protein-containing complex ...palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / importin-alpha family protein binding / deSUMOylase activity / protein desumoylation / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein export from nucleus / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPPDE domains / PPPDE peptidase domain superfamily / PPPDE putative peptidase domain / PPPDE putative peptidase domain / PPPDE peptidase domain / PPPDE domain profile. / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Desumoylating isopeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Walker, J.R. / Akutsu, M. / Qiu, L. / Li, Y. / Slessarev, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. ...Walker, J.R. / Akutsu, M. / Qiu, L. / Li, Y. / Slessarev, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human PPPDE1
著者: Walker, J.R. / Akutsu, M. / Qiu, L. / Li, Y. / Slessarev, Y. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLECULE: PPPDE1 (PERMUTED PAPAIN FOLD PEPTIDASES OF DSRNA VIRUSES AND EUKARYOTES 1), UPF0326 protein FAM152B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8223
ポリマ－18,4211
非ポリマー4012
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.625, 41.625, 184.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 MOLECULE: PPPDE1 (PERMUTED PAPAIN FOLD PEPTIDASES OF DSRNA VIRUSES AND EUKARYOTES 1), UPF0326 protein FAM152B


分子量: 18420.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM152B / プラスミド: PET28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-V2R
参照: UniProt: Q6ICB0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 % / 解説: MERCURY DERIVATIVE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M SODIUM, ACETATE, 0.1 M TRIS HCL PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K. CRYSTALS WERE SOAKED OVERNIGHT IN 0.01 M THIMEROSAL TO CREATE THE MERCURY DERIVATIVE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 13493 / Num. obs: 13493 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 45.21
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique all: 1162 / Rsym value: 0.646 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 5.625 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUMOF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27273 670 5 %RANDOM
Rwork0.22354 ---
obs0.22585 12727 98.19 %-
all-13493 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1124 0 3 63 1190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9851576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3235147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.96924.37548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82515180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.889154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0121.5746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50521178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4393463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5244.5398
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 46 -
Rwork0.254 770 -
obs--85.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89471.03821.84352.63521.34362.29490.08610.0550.08710.27860.20060.3448-0.1588-0.0602-0.28670.05010.01170.0141-0.00670.04460.0825.934823.922874.4846
220.3053-7.8928-12.046626.51293.08617.2556-0.3741-1.26881.92820.12691.2173-0.0706-0.70581.2899-0.84320.07050.0504-0.12650.1086-0.12620.074323.035129.938785.9019
326.30483.202412.49626.3756-7.203318.6530.2872-0.0306-0.7117-0.3030.1164-0.49790.2304-0.283-0.4036-0.05830.132-0.07630.0339-0.1150.105328.341625.001284.2223
42.1221.62152.24872.81610.29373.6695-0.05730.2387-0.13910.45980.22430.3363-0.22330.0837-0.1670.0540.05210.0285-0.0020.0180.06535.133720.314776.1654
55.364-7.32950.832316.3524-2.62461.81140.2334-0.43970.12550.69780.22460.25190.0047-0.1944-0.4580.08810.04560.12260.02750.01020.0051.167614.25280.9382
63.31820.61281.21683.47680.57082.0195-0.2518-0.17270.24460.40180.19370.4717-0.4923-0.04740.05810.13520.09490.095-0.022-0.00670.03195.207725.704777.7944
76.72288.542-8.1421.7011-10.0169.8657-0.38780.46380.357-0.45850.41140.9150.1312-0.2856-0.0236-0.0404-0.04-0.13310.01510.08450.1674-4.010713.870364.4783
85.3334-3.08191.1473.7771-0.60463.08850.0003-0.0545-0.01110.3691-0.03750.3647-0.0784-0.14650.03730.0285-0.02410.0213-0.0090.03360.12610.54414.645672.3535
99.63672.66432.95010.91072.640220.02690.0544-0.261-0.61240.20460.007-0.26830.4929-0.5087-0.06140.11120.01820.0142-0.03930.05190.08267.04072.92680.2089
101.16940.62621.82231.9608-0.93635.0890.06810.075-0.06350.10880.1034-0.0230.04030.114-0.17160.06230.0364-0.0160.0102-0.01330.064512.005511.331375.6696
111.68771.61461.23023.04180.6542.7084-0.0340.08890.1304-0.15820.1158-0.11090.10030.0997-0.08180.042-0.0024-0.00040.01910.00020.05412.73617.576867.7251
1248.3659-0.407138.1662.9292-6.862444.74160.4768-1.15020.0473-0.7116-0.6942-0.02880.1175-0.5030.2175-0.02990.0412-0.00650.0087-0.04720.058524.005816.022479.7725
1316.89773.11468.768212.0185-6.73137.899-0.6033-0.2784-0.26-0.0620.609-0.6827-0.03610.0669-0.0056-0.04660.0685-0.0250.1455-0.0012-0.035829.267315.081886.2384
142.74440.9405-7.44061.8051-9.991757.5202-0.2792-1.8648-0.3102-1.3119-0.082-1.58592.6264-2.80160.36130.1827-0.1682-0.08430.1969-0.0309-0.104123.37269.820990.7349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 2024 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2AA21 - 2540 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3AA26 - 3345 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4AA34 - 4953 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5AA50 - 6169 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6AA62 - 7481 - 93
7X-RAY DIFFRACTION7AA75 - 8494 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8AA85 - 95104 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9AA96 - 100115 - 119
10X-RAY DIFFRACTION10AA101 - 117120 - 136
11X-RAY DIFFRACTION11AA118 - 130137 - 149
12X-RAY DIFFRACTION12AA131 - 136150 - 155
13X-RAY DIFFRACTION13AA137 - 142156 - 161
14X-RAY DIFFRACTION14AA143 - 148162 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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