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- PDB-3ebk: Crystal structure of major allergens, Bla g 4 from cockroaches -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebk
タイトルCrystal structure of major allergens, Bla g 4 from cockroaches
要素Allergen Bla g 4
キーワードALLERGEN / Beta barrel / Cockroach / Glycoprotein / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Triabin/Procalin / Triabin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tan, Y.W. / Chan, S.L. / Chew, F.T. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of two major allergens, Bla g 4 and Per a 4, from cockroaches and their IgE binding epitopes.
著者: Tan, Y.W. / Chan, S.L. / Ong, T.C. / Yit, L.Y. / Tiong, Y.S. / Chew, F.T. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allergen Bla g 4
B: Allergen Bla g 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7522
ポリマ－40,7522
非ポリマー00
水3,225179
1
A: Allergen Bla g 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3761
ポリマ－20,3761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Allergen Bla g 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3761
ポリマ－20,3761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Allergen Bla g 4

B: Allergen Bla g 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7522
ポリマ－40,7522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_564y,-x+1,z-1/41
Buried area1680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.166, 60.166, 124.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Allergen Bla g 4 / Allergen Bla g IV


分子量: 20375.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
プラスミド: pET32a modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P54962
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 % / Mosaicity: 0.396 °
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 1.5M sodium citrate, 3% acetone, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9797, 0.9799, 0.9600
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97991
30.961
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 45386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 43.189
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.75-1.8114.90.545200.569100
1.81-1.89150.35245230.636100
1.89-1.97150.22645440.796100
1.97-2.07150.16645290.999100
2.07-2.215.10.12445241.251100
2.2-2.3815.10.10245301.293100
2.38-2.6115.10.09245161.456100
2.61-2.99150.08345521.331100
2.99-3.7714.70.06145651.071100
3.77-5014.90.04845831.41199.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1676 4.8 %
Rwork0.218 --
obs-33666 96.5 %
溶媒の処理Bsol: 47.226 Å2
原子変位パラメータBiso max: 105.32 Å2 / Biso mean: 35.961 Å2 / Biso min: 16.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.928 Å20 Å20 Å2
2---0.928 Å20 Å2
3---1.857 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2706 0 0 179 2885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.508
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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