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- PDB-3ebc: Structure of N141A HincII with Cognate DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebc
タイトルStructure of N141A HincII with Cognate DNA
要素
  • 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'
  • 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DGP*DGP*DGP*DC)-3'
  • Type-2 restriction enzyme HincII
キーワードHYDROLASE/DNA / intermediate / mutant / dimerization / R-loop / Endonuclease / Hydrolase / Nuclease / Restriction system / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, HincII / Restriction endonuclease HincII / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme HincII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Little, E.J. / Babic, A.C. / Horton, N.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Early Interrogation and Recognition of DNA Sequence by Indirect Readout
著者: Little, E.J. / Babic, A.C. / Horton, N.C.
履歴
登録2008年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme HincII
B: Type-2 restriction enzyme HincII
E: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DGP*DGP*DGP*DC)-3'
F: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8075
ポリマ－81,7534
非ポリマー551
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area23400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.551, 91.571, 70.594
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme HincII / R.HincII / Type II restriction enzyme HincII / Endonuclease HincII


分子量: 36593.496 Da / 分子数: 2 / 変異: N141A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexaHis Tag
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: hincIIR / プラスミド: pET Blue2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17743, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DGP*DGP*DGP*DC)-3'


分子量: 4322.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HincII Cognate CG
#3: DNA鎖 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'


分子量: 4242.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HincII Cognate CG
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG 4000, 0.1M imidazole buffer, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2imidazole buffer11
3NaCl11
4PEG 400012
5imidazole buffer12
6NaCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→43.56 Å / Num. all: 18533 / Num. obs: 17810 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル最高解像度: 2.55 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 18532 / % possible all: 96.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→43.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.803 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1.9 / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 858 4.8 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.28 18533 --
obs0.195 17791 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.83 Å2 / Biso mean: 27.531 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å2-0.58 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3890 567 1 301 4759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.382.1096366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8115479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.49225.077195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.75515669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5451512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.23151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5641.52466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98723878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17832652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9374.52488
LS精密化 シェル解像度: 2.547→2.613 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 59 -
Rwork0.293 934 -
all-993 -
obs-61124 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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