PDB-3eb0: Crystal Structure of cgd4_240 from cryptosporidium Parvum in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eb0

タイトル

Crystal Structure of cgd4_240 from cryptosporidium Parvum in complex with indirubin E804

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

TRANSFERASE / kinase cryptosporidium parvum / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Fedorov, O. / Lam, A. / Ali, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of cgd4_240 from cryptosporidium Parvum in complex with indirubin E804
著者: Wernimont, A.K. / Fedorov, O. / Lam, A. / Ali, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Wilstrom, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. ...

履歴

登録	2008年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eb0.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eb0.ent.gz	109.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eb0_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eb0_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3eb0_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	3eb0_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/3eb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/3eb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o9uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zsv-2 6eow-2 4gmn-d 6rlq-1 7ajl-d 7b36-d 2j3h-d 6jyv-d 3nfp-1 5kzc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

88.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

C: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.101, 138.366, 43.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 43831.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd4_240 / プラスミド: p15-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3pACYC-LIC+LamP-phosphatase / 参照: UniProt: A3FQN0
#2: 化合物	ChemComp-DRK / 3-({[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]oxy}amino)-1H,2'H-2,3'-biindol-2'-one / Indirubin_E804 分子量: 365.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₃O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% Isopropanol 20% PEG 4000 0.1 M NaHepes 7.5 4 mM indirubin E804 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.96749 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 24691 / Num. obs: 24543 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.189 / R_sym value: 0.117 / Χ²: 1.54 / Net I/σ(I): 13.083
反射シェル	解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 2313 / R_sym value: 0.591 / Χ²: 1.137 / % possible all: 95.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.52 Å	24.97 Å
Translation	2.52 Å	24.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1o9u

1o9u

解像度: 2.65→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / WR_factor R_free: 0.271 / WR_factor R_work: 0.222 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.685 / SU B: 27.743 / SU ML: 0.288 / SU R Cruickshank DPI: 1.074 / SU R_free: 0.392 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.031 / ESU R Free: 0.38 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	1234	5.1 %	RANDOM
R_work	0.238	-	-	-
all	0.24	24253	-	-
obs	0.24	24140	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.08 Å² / B_iso mean: 21.267 Å² / B_iso min: 7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4965	0	78	150	5193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	2.003	7038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.821	5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.47	23.238	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.136	15	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.449	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.262	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.422	1.5	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.743	2	5090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.148	3	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.861	4.5	1948

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	91	-
R_work	0.327	1614	-
all	-	1705	-
obs	-	1614	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9364	1.5132	0.1802	2.0007	0.3467	2.221	0.0137	0.0856	-0.1474	-0.1187	0.0557	0.0778	0.074	-0.2992	-0.0695	-0.1521	0.0527	0.0025	0.1955	-0.0147	-0.1009	47.0347	9.4414	7.0189
2	1.6744	-0.1491	0.7976	1.8816	-1.3854	2.6671	-0.0577	0.0358	-0.1886	-0.2841	-0.0552	-0.3836	0.1957	0.3964	0.113	-0.1305	-0.0209	0.0543	0.0975	-0.0429	-0.0998	68.5239	10.8252	12.1721
3	8.3345	1.8895	-0.3888	1.4025	-3.4101	11.3462	0.0598	-0.3079	-0.375	-0.0722	-0.2403	-0.5677	-0.1203	0.7532	0.1804	0.0308	-0.0537	0.0135	0.1735	-0.1134	0.0341	76.9595	15.829	17.1174
4	1.9442	-0.5791	0.1682	2.6595	-0.1516	2.2989	0.0642	-0.0756	0.5861	-0.07	0.0107	0.0581	-0.5122	-0.1978	-0.0749	0.0281	0.0204	0.0571	0.1236	-0.0459	0.0482	57.1335	29.0268	12.8087
5	3.7853	0.4889	3.9788	5.3035	3.0258	8.8531	-0.0892	0.1695	-0.4759	-0.0398	0.0234	0.0059	0.4927	0.2857	0.0657	-0.0646	0.0297	0.0151	0.3832	0.0056	-0.1346	27.4231	0.3219	26.9831
6	2.0523	-1.609	-0.6135	1.346	0.9153	2.4114	-0.0024	-0.1142	-0.0731	0.1887	0.0817	0.0262	-0.1295	0.2188	-0.0793	-0.1301	-0.0681	0.01	0.1845	0.0078	-0.0757	17.7515	12.4494	24.3618
7	3.3149	-0.7449	-0.3612	2.9255	1.0077	2.2133	-0.0383	0.0686	-0.2459	0.0818	-0.0382	0.1709	0.069	0.0415	0.0765	-0.1431	0.0242	0.0219	0.0227	0.0463	-0.1626	5.0196	10.6245	18.7553
8	6.8991	-1.595	-0.8339	3.0791	2.1376	7.748	-0.0069	0.1493	-0.1072	0.0231	-0.233	0.4391	0.3113	-0.5548	0.2399	-0.04	0.0484	0.0113	0.1529	0.0511	0.0424	-10.2952	15.8229	15.2319
9	3.2741	0.5534	-0.8292	2.5996	0.1025	1.7416	0.0938	-0.0486	0.7503	0.0602	0.0113	-0.2087	-0.769	0.2521	-0.1051	0.0967	-0.0495	0.0674	0.161	0.0302	0.0629	9.9964	29.0639	18.7415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	199 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	264 - 290
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	291 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	7 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	48 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	175 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	253 - 290
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	291 - 375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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