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- PDB-3eap: Crystal structure of the RhoGAP domain of ARHGAP11A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eap
タイトルCrystal structure of the RhoGAP domain of ARHGAP11A
要素Rho GTPase-activating protein 11A
キーワードhydrolase activator / gtpase activating protein / gap / structural genomics consortium / GTPase activation / Phosphoprotein / Polymorphism / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of GTPase activity / RHOA GTPase cycle / GTPase activator activity / signal transduction / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho GTPase-activating protein 11 / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho GTPase-activating protein 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shen, Y. / Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Shen, Y. / Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the RhoGAP domain of ARHGAP11A
著者: Shen, Y. / Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2008年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年10月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: phasing / refine ...phasing / refine / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _refine.pdbx_starting_model / _struct_ref_seq_dif.details ..._refine.pdbx_starting_model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho GTPase-activating protein 11A
B: Rho GTPase-activating protein 11A
C: Rho GTPase-activating protein 11A
D: Rho GTPase-activating protein 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,88910
ポリマ－121,8894
非ポリマー06
水1,04558
1
A: Rho GTPase-activating protein 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4722
ポリマ－30,4721
非ポリマー01
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rho GTPase-activating protein 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4725
ポリマ－30,4721
非ポリマー04
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Rho GTPase-activating protein 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4722
ポリマ－30,4721
非ポリマー01
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Rho GTPase-activating protein 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4721
ポリマ－30,4721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.066, 106.150, 107.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Rho GTPase-activating protein 11A / Rho-type GTPase-activating protein 11A


分子量: 30472.131 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGAP11A / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q6P4F7
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 6% PEG 8000, 0.2M sodium chloride, 0.1M tris, pH 8.0. The protein stock solution was supplemented with 5% Ethylene Glycol, and 1:100 (m:m) Endoproteinase Glu-C. vapor diffusion, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49354 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.526
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.281.90.54935330.98668.7
2.28-2.372.50.43446040.94888.7
2.37-2.483.10.35250500.99997.2
2.48-2.613.60.26851941.01999.7
2.61-2.773.80.19551831.14100
2.77-2.993.80.13652001.328100
2.99-3.293.80.09252331.67599.7
3.29-3.763.80.05951001.94298.3
3.76-4.743.80.05250812.66897
4.74-503.70.03151761.69297.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
tlsmd精密化
FFAS03/SCWRL精密化
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RGP

1rgp


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.275 / WRfactor Rwork: 0.226 / SU B: 18.394 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B-factors are residuals from TLS refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2233 5.01 %thin shells (sftools)
Rwork0.227 ---
obs0.23 44569 98.072 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.469 Å20 Å2-0.986 Å2
2--0.262 Å20 Å2
3----1.976 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6461 0 6 58 6525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.9728978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.752310384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4455848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53624255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96215991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3421525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.22624318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3121722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90336841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32822277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.94732137
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.3590.34810.2642971326491.054
2.359-2.4230.3093450.2492792328295.582
2.423-2.49200.2473062310098.774
2.492-2.5670.3012800.2362791307999.74
2.567-2.6500.2412961296599.865
2.65-2.7410.32720.24825822854100
2.741-2.8430.264800.24826792759100
2.843-2.9560.331500.2382522267499.925
2.956-3.0850.3061950.2492377257899.767
3.085-3.2310.318320.2492384242499.67
3.231-3.4010.3181370.242201235099.489
3.401-3.6010.2741470.2222045223498.12
3.601-3.8410.2751260.1951924209697.805
3.841-4.1360.2451050.2091786194897.074
4.136-4.5110.215800.1881638178296.409
4.511-5.0120.204830.1911529165797.284
5.012-5.7280.284600.2321369146797.41
5.728-6.8760.386590.2831160125397.287
6.876-9.1950.255530.227957101899.214
9.195-200.242280.22260666195.915
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4544-0.38881.11951.9891-0.50195.26510.09460.20450.2018-0.152-0.0873-0.0213-0.0697-0.1611-0.0073-0.13710.0284-0.0038-0.0813-0.0029-0.1159-2.518543.195231.6927
21.570.9905-0.65343.5219-0.88542.8549-0.00760.14930.1925-0.1230.01610.0848-0.5859-0.0968-0.0085-0.0303-0.02690.0122-0.16710.053-0.1598-3.59429.74481.1514
32.87430.3671-1.37611.8832-0.97155.21580.1254-0.2011-0.0190.2396-0.1477-0.0899-0.2350.45620.0223-0.1928-0.078-0.0144-0.15560.0178-0.21540.9916-6.87823.7179
44.3864-0.89161.07144.3933-1.20732.73290.1066-0.045-0.3692-0.16930.17420.49890.2652-0.1688-0.2808-0.1907-0.0268-0.0517-0.2022-0.0016-0.0435-9.159724.690351.0377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-4 - 25214 - 270
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 25119 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 24821 - 266
4X-RAY DIFFRACTION4DD-4 - 24914 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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