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万見
- PDB-3e9y: Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase in complex with mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e9y
タイトルArabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase in complex with monosulfuron
要素Acetolactate synthase, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE / Protein-FAD-HEThDP complex / Amino-acid biosynthesis / Branched-chain amino acid biosynthesis / Chloroplast / FAD / Flavoprotein / Herbicide resistance / Magnesium / Metal-binding / Thiamine pyrophosphate / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / response to herbicide / thiamine pyrophosphate binding / chloroplast stroma / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1MS / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE-N5-ISOBUTYL KETONE / Chem-TDM / Acetolactate synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Duggleby, R.G. / Wang, J.-G. / Li, Z.-M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of two novel sulfonylurea herbicides in complex with Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase.
著者: Wang, J.-G. / Lee, P.K. / Dong, Y.-H. / Pang, S.S. / Duggleby, R.G. / Li, Z.-M. / Guddat, L.W.
履歴
登録2008年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7326
ポリマ－63,8391
非ポリマー1,8935
水1,17165
1
A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,46412
ポリマ－127,6782
非ポリマー3,78610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area12640 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area38190 Å2
手法PISA
2
A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,92724
ポリマ－255,3564
非ポリマー7,57220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)178.866, 178.866, 186.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-703-

HOH

21A-741-

HOH

31A-742-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acetolactate synthase, chloroplastic / Acetohydroxy-acid synthase / ALS


分子量: 63838.926 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 87-670 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSR 1.2, At3g48560, T8P19.70 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17597, acetolactate synthase

-
非ポリマー , 6種, 70分子

#2: 化合物 ChemComp-1MS / N-[(4-methylpyrimidin-2-yl)carbamoyl]-2-nitrobenzenesulfonamide


分子量: 337.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11N5O5S
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-TDM / 2-[(2E)-3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-(1-HYDROXYETHYLIDENE)-4-METHYL-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL]ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 2-HYDROXYETHYLTHIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 468.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O8P2S
#6: 化合物 ChemComp-FAB / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE-N5-ISOBUTYL KETONE


分子量: 855.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N9O16P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: 0.1M CHES, 0.2M Li2S04, 1M potassium sodium tartrate, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GE(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→89.44 Å / Num. all: 35771 / Num. obs: 28796 / % possible obs: 80.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 3→3.07 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2026 / Rsym value: 0.228

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1YBH

1ybh


解像度: 3→89.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 18.735 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22348 1448 5 %RANDOM
Rwork0.19226 ---
all0.19383 33904 --
obs0.19383 27246 80.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.894 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→89.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4431 0 119 65 4615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1061.9996390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9695589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7424.365197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55115748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1771528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.22090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3031.52976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55124692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.53731930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9544.51696
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 111 -
Rwork0.271 2026 -
obs--82.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4797-0.1761-0.16760.5573-0.17151.0148-0.02610.01620.05160.0554-0.0089-0.0421-0.07890.02380.0349-0.01660.0051-0.0289-0.00020.0032-0.028667.073384.358833.9583
20.4092-1.0144-0.10832.55030.05991.2411-0.2275-0.1289-0.0420.32310.18770.1565-0.03770.01340.03980.0670.09560.04290.00880.012-0.106458.416869.442467.6848
30.4991-0.07460.00690.4451-0.02740.5758-0.0592-0.0763-0.02850.05940.0507-0.02520.10130.08630.00840.03080.0569-0.0140.02040.0278-0.062175.113854.6547.859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA87 - 2821 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2AA283 - 455197 - 369
3X-RAY DIFFRACTION3AA456 - 668370 - 582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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