PDB-3e9k: Crystal structure of Homo sapiens kynureninase-3-hydroxyhippuric ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e9k

タイトル

Crystal structure of Homo sapiens kynureninase-3-hydroxyhippuric acid inhibitor complex

要素

Kynureninase

キーワード

HYDROLASE / kynureninase / kynurenine-L-hydrolase / kynurenine hydrolase / pyridoxal-5'-phosphate / inhibitor complex / 3-hydroxy hippurate / 3-hydroxyhippuric acid / PLP / Pyridine nucleotide biosynthesis / Pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

kynureninase / kynureninase activity / response to vitamin B6 / L-kynurenine catabolic process / anthranilate metabolic process / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lima, S. / Kumar, S. / Gawandi, V. / Momany, C. / Phillips, R.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the Homo sapiens kynureninase-3-hydroxyhippuric acid inhibitor complex: insights into the molecular basis of kynureninase substrate specificity.
著者: Lima, S. / Kumar, S. / Gawandi, V. / Momany, C. / Phillips, R.S.

履歴

登録	2008年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e9k.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e9k.ent.gz	89.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hzpS 1qz9 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hzp-1 3eph-2 3epj-2 3j9d-d 3epj-3 3h7n-1 3eph-3 3h7n-2 6239 3epk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kynureninase

ヘテロ分子

52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kynureninase

ヘテロ分子

A: Kynureninase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.444, 77.124, 94.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-671- HOH

#1: タンパク質	Kynureninase / L-kynurenine hydrolase 分子量: 52440.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KYNU / プラスミド: pCRT7Kyn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16719, kynureninase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-3XH / 3-Hydroxyhippuric acid / N-[(3-hydroxyphenyl)carbonyl]glycine / 3-ヒドロキシ馬尿酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 195.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.12 詳細: HKynase solution (9 mg/mL in 50 mM HEPES pH 5.1, and 0.1 mM PLP) mixed (1:1 ratio) with a crystallization solution containing 0.05 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 25% PEG 3000, 350 mM HHA, pH ...詳細: HKynase solution (9 mg/mL in 50 mM HEPES pH 5.1, and 0.1 mM PLP) mixed (1:1 ratio) with a crystallization solution containing 0.05 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 25% PEG 3000, 350 mM HHA, pH 5.12, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.12
詳細: HKynase solution (9 mg/mL in 50 mM HEPES pH 5.1, and 0.1 mM PLP) mixed (1:1 ratio) with a crystallization solution containing 0.05 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 25% PEG 3000, 350 mM HHA, pH ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.007 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, with Pt, glass, Pd lanes
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→89.09 Å / Num. all: 51906 / Num. obs: 51906 / % possible obs: 98.55 % / B_iso Wilson estimate: 16.68 Å² / R_sym value: 0.052
反射シェル	解像度: 1.7→1.744 Å / R_sym value: 0.039 / % possible all: 86.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2HZP

2hzp

解像度: 1.7→89.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.257 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19133	2802	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1532	-	-	-
obs	0.15512	51906	98.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.686 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	0 Å²	-0.87 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→89.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3547	0	29	632	4208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.065	1.974	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.373	5	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.278	24.085	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.999	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.569	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.088	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.894	2	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.65	5	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.973	7	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.351	10	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	169	-
R_work	0.22	3370	-
obs	-	-	86.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.8598 Å / Origin y: 0.2047 Å / Origin z: 15.6972 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0472 Å²	0.0202 Å²	0.0018 Å²	-	-0.0248 Å²	0.0115 Å²	-	-	-0.0205 Å²
L	0.2869 °²	0.0426 °²	0.234 °²	-	0.3583 °²	0.0069 °²	-	-	0.7187 °²
S	-0.0629 Å °	-0.0388 Å °	-0.0382 Å °	0.0811 Å °	0.0178 Å °	-0.0537 Å °	-0.0395 Å °	0.0669 Å °	0.0451 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	121 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	191 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	214 - 357
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	358 - 375
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	376 - 412
9	X-RAY DIFFRACTION	1	A	413 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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