PDB-3e99: Crystal structure of the beta subunit of the benzoate 1,2-dioxyge...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+99

タイトル

Crystal structure of the beta subunit of the benzoate 1,2-dioxygenase (benb, bmaa0186) from burkholderia mallei atcc 23344 at 1.90 A resolution

要素

Benzoate 1,2-dioxygenase beta subunit

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

benzoate 1,2-dioxygenase / benzoate 1,2-dioxygenase activity / : / 3-phenylpropionate catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia mallei ATCC 23344 (鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the beta subunit of benzoate 1,2-dioxygenase (YP_105014.1) from BURKHOLDERIA MALLEI ATCC 23344 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e99.cif.gz	50.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e99.ent.gz	35.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e99_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e99_full_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示
XML形式データ	3e99_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	3e99_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k4t-2 4gi5-d 5d58-d 5oxn-d 6qpm-1 5f8h-d 3vew-d 3qnd-1 5f8g-d 2wgt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 390534

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Benzoate 1,2-dioxygenase beta subunit

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Benzoate 1,2-dioxygenase beta subunit

ヘテロ分子

A: Benzoate 1,2-dioxygenase beta subunit

ヘテロ分子

A: Benzoate 1,2-dioxygenase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.953, 58.953, 167.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-174- HOH
2	1	A-188- HOH
3	1	A-197- HOH
4	1	A-213- HOH
5	1	A-239- HOH
6	1	A-243- HOH
7	1	A-256- HOH
8	1	A-275- HOH
9	1	A-283- HOH

#1: タンパク質	Benzoate 1,2-dioxygenase beta subunit 分子量: 19353.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia mallei ATCC 23344 (鼻疽菌) 遺伝子: YP_105014.1, benB, BMAA0186 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 参照: UniProt: Q62E64, UniProt: A0A0H2WBM4*PLUS, benzoate 1,2-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15.0000% Glycerol, 0.1700M NaOAc, 25.5000% PEG-4000, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97822,0.97901

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97822	1
3	0.97901	1

反射

解像度: 1.9→29.476 Å / Num. obs: 14285 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.262 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.03

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) all	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.9-1.95	5.3	0.509	3	1.4	5420	1022	0.568	0.509	100
1.95-2	5.3	0.455	3.3	1.7	5261	999	0.507	0.455	100
2-2.06	5.3	0.337	4.5	2.3	5189	974	0.375	0.337	100
2.06-2.12	5.2	0.28	5.4	2.6	4929	949	0.313	0.28	100
2.12-2.19	5.3	0.225	6.6	3.4	4923	927	0.25	0.225	100
2.19-2.27	5.2	0.22	7.4	3.2	4726	915	0.246	0.22	100
2.27-2.36	5.3	0.168	8.9	4.4	4550	864	0.188	0.168	100
2.36-2.45	5.2	0.14	10.2	5.3	4321	830	0.157	0.14	100
2.45-2.56	5.2	0.118	12.2	6.3	4244	815	0.132	0.118	100
2.56-2.69	5.2	0.101	14.3	7.2	4053	785	0.113	0.101	100
2.69-2.83	5.2	0.082	17	8.5	3777	727	0.092	0.082	100
2.83-3	5.2	0.074	19.5	9	3640	703	0.083	0.074	99.6
3-3.21	5.2	0.063	23.4	10	3380	655	0.07	0.063	99.6
3.21-3.47	5.2	0.051	27.1	12.6	3285	634	0.057	0.051	99.5
3.47-3.8	5	0.044	30.9	13.6	2857	570	0.049	0.044	99.4
3.8-4.25	5.1	0.044	33.3	10.8	2687	527	0.049	0.044	98.7
4.25-4.91	5.1	0.042	33	14.3	2373	469	0.046	0.042	98.6
4.91-6.01	4.9	0.039	30.8	15.6	1947	401	0.043	0.039	97.5
6.01-8.5	4.8	0.042	29.6	13.6	1541	324	0.047	0.042	96.4
8.5-29.48	4	0.04	27.7	13.4	786	195	0.046	0.04	91

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.476 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 6.624 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	717	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.188	14242	99.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.57 Å² / B_iso mean: 30.839 Å² / B_iso min: 15.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.476 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1225	0	4	139	1368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.927	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.342	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.707	21.884	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.99	15	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.907	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.281	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.095	3	783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.566	3	306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.099	5	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.966	8	621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.892	11	541

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	52	-
R_work	0.24	969	-
all	-	1021	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.5689 Å / Origin y: 14.8213 Å / Origin z: 20.3377 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0395 Å²	-0.0066 Å²	0.0008 Å²	-	-0.0208 Å²	-0.0504 Å²	-	-	-0.0312 Å²
L	1.2153 °²	0.3644 °²	0.3614 °²	-	1.2226 °²	0.0092 °²	-	-	0.1163 °²
S	-0.0735 Å °	-0.016 Å °	0.0583 Å °	-0.0509 Å °	-0.0307 Å °	0.2498 Å °	-0.0167 Å °	-0.051 Å °	0.1042 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)