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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e8y | ||||||
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タイトル | Xray structure of scorpion toxin BmBKTx1 | ||||||
要素 | Potassium channel toxin alpha-KTx 19.1 | ||||||
キーワード | TOXIN / racemic protein / direct methods / Xray crystal stucture / Ionic channel inhibitor / Neurotoxin / Potassium channel inhibitor / Secreted | ||||||
機能・相同性 | Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 19.1 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Mandal, K. / Pentelute, B.L. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: X-ray structure of native scorpion toxin BmBKTx1 by racemic protein crystallography using direct methods. 著者: Mandal, K. / Pentelute, B.L. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e8y.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e8y.ent.gz | 16.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e8y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3e8y_validation.pdf.gz | 413.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3e8y_full_validation.pdf.gz | 413.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3e8y_validation.xml.gz | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3e8y_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e8y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3348.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis / 参照: UniProt: P83407 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.31 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M citric acid, 2 M ammonium sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97911 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 300 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 17925 / % possible obs: 99.78 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 41.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.129 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 97.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 0.453 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.096 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
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