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万見
- PDB-3e7f: Crystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Trypanosoma b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e7f
タイトルCrystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Trypanosoma brucei complexed with 6-phosphogluconic acid
要素6-phosphogluconolactonase
キーワードHYDROLASE / CATALYTIC MECHANISM / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY / 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE / TRYPANOSOMA BRUCEI / ZINC BINDING SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase activity / glycosome / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
6-Phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase, DevB-type / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-PHOSPHOGLUCONIC ACID / 6-phosphogluconolactonase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Poggi, L. / Delarue, M. / Duclert-Savatier, N. / Stoven, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Insights into the enzymatic mechanism of 6-phosphogluconolactonase from Trypanosoma brucei using structural data and molecular dynamics simulation.
著者: Duclert-Savatier, N. / Poggi, L. / Miclet, E. / Lopes, P. / Ouazzani, J. / Chevalier, N. / Nilges, M. / Delarue, M. / Stoven, V.
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconolactonase
B: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7806
ポリマ－57,0972
非ポリマー6834
水7,764431
1
A: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8903
ポリマ－28,5491
非ポリマー3422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8903
ポリマ－28,5491
非ポリマー3422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.660, 87.000, 64.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconolactonase


分子量: 28548.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: 6pgl / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9GRG6, gluconolactonase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖 ChemComp-6PG / 6-PHOSPHOGLUCONIC ACID / 6-ホスホグルコン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 276.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O10P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月1日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→24 Å / Num. all: 27717 / Num. obs: 27717 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 34.013 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.5 Å / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNT2.1.1精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化解像度: 2.2→23.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.198 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2493 1393 5.03 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1776 27717 99.17 %-
all-27716 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.19098368 Å20 Å2-3.92252768 Å2
2--7.60675712 Å20 Å2
3----1.41577344 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3937 0 36 431 4404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01140472
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.30254722
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.3598350
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011892
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0175925
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.692404720
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.051775
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2894 217 4.97 %
Rwork0.2093 4152 -
all0.2132 4369 -
obs--99.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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