PDB-3e7c: Glucocorticoid Receptor LBD bound to GSK866

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e7c

タイトル

Glucocorticoid Receptor LBD bound to GSK866

要素

Glucocorticoid receptor
Nuclear receptor coactivator 2

キーワード

TRANSCRIPTION / GR / Glucocorticoid Receptor / Nuclear Receptor / Alternative initiation / Chromatin regulator / Disease mutation / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Pseudohermaphroditism / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger / Activator

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / astrocyte differentiation / maternal behavior / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / transcription regulator inhibitor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of smoothened signaling pathway / chromosome segregation / SUMOylation of intracellular receptors / promoter-specific chromatin binding / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / : / chromatin organization / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能

Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Madauss, K.P. / Williams, S.P. / Mclay, I. / Stewart, E.L. / Bledsoe, R.K.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: The first X-ray crystal structure of the glucocorticoid receptor bound to a non-steroidal agonist.
著者: Madauss, K.P. / Bledsoe, R.K. / Mclay, I. / Stewart, E.L. / Uings, I.J. / Weingarten, G. / Williams, S.P.

履歴

登録	2008年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3e7c.ent.gz	181.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7c	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucocorticoid receptor

H: Nuclear receptor coactivator 2

B: Glucocorticoid receptor

D: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

63.8 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Glucocorticoid receptor

H: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.8 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Glucocorticoid receptor

D: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	126.654, 126.654, 78.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1 分子量: 29841.715 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 521-777 / 変異: F602Y, C638G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2 分子量: 1349.576 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 741-751 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物	ChemComp-866 / 5-amino-N-[(2S)-2-({[(2,6-dichlorophenyl)carbonyl](ethyl)amino}methyl)-3,3,3-trifluoro-2-hydroxypropyl]-1-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide 分子量: 562.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁Cl₂F₄N₅O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 1.6M MgSO4, 0.1% betahexaglucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 37919 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Χ²: 0.91

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.23	5.3	0.478	3585	0.741	1	91.7
2.23-2.32	6	0.43	3608	1.54	1	92.7
2.32-2.42	6.8	0.299	3581	0.73	1	91.7
2.42-2.55	7.7	0.228	3662	0.692	1	93.3
2.55-2.71	8.6	0.164	3757	0.812	1	95.4
2.71-2.92	9.2	0.113	3890	0.727	1	99.3
2.92-3.21	9.5	0.076	3908	0.775	1	100
3.21-3.68	9.5	0.044	3939	0.915	1	100
3.68-4.63	9.5	0.03	3953	1.027	1	100
4.63-50	9.2	0.029	4036	1.187	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.91 Å
Translation	2.5 Å	19.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
StructureStudio		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: non public liganded GR LBD crystal structure at 2.2 A in P61 SG

解像度: 2.15→19.909 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.712 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	2332	6.94 %
R_work	0.21	-	-
obs	-	33592	85.53 %

溶媒の処理

B_sol: 73.129 Å² / k_sol: 0.312 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 283.35 Å² / B_iso mean: 77.572 Å² / B_iso min: 27.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.829 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-19.829 Å²	0 Å²
3-	-	-	39.659 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4145	0	92	93	4330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.701	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.78	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.059	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.15-2.161	0.32	359	X-RAY DIFFRACTION	63	58
2.161-2.173	0.303	388	X-RAY DIFFRACTION	63	63
2.173-2.185	0.28	388	X-RAY DIFFRACTION	63	61
2.185-2.197	0.272	379	X-RAY DIFFRACTION	63	62
2.197-2.21	0.293	390	X-RAY DIFFRACTION	63	66
2.21-2.223	0.258	409	X-RAY DIFFRACTION	63	64
2.223-2.236	0.298	370	X-RAY DIFFRACTION	63	61
2.236-2.249	0.312	393	X-RAY DIFFRACTION	63	62
2.249-2.263	0.298	384	X-RAY DIFFRACTION	63	61
2.263-2.277	0.307	380	X-RAY DIFFRACTION	63	62
2.277-2.292	0.283	382	X-RAY DIFFRACTION	63	62
2.292-2.307	0.254	408	X-RAY DIFFRACTION	63	65
2.307-2.322	0.257	411	X-RAY DIFFRACTION	63	67
2.322-2.338	0.244	408	X-RAY DIFFRACTION	63	67
2.338-2.354	0.26	419	X-RAY DIFFRACTION	63	67
2.354-2.37	0.252	415	X-RAY DIFFRACTION	63	66
2.37-2.387	0.233	399	X-RAY DIFFRACTION	63	65
2.387-2.405	0.229	437	X-RAY DIFFRACTION	63	69
2.405-2.423	0.234	406	X-RAY DIFFRACTION	63	70
2.423-2.441	0.231	443	X-RAY DIFFRACTION	63	67
2.441-2.461	0.217	419	X-RAY DIFFRACTION	63	71
2.461-2.48	0.23	471	X-RAY DIFFRACTION	63	73
2.48-2.501	0.214	427	X-RAY DIFFRACTION	63	70
2.501-2.522	0.251	456	X-RAY DIFFRACTION	63	74
2.522-2.544	0.218	443	X-RAY DIFFRACTION	63	72
2.544-2.567	0.234	470	X-RAY DIFFRACTION	63	76
2.567-2.59	0.22	480	X-RAY DIFFRACTION	63	77
2.59-2.615	0.232	477	X-RAY DIFFRACTION	63	78
2.615-2.64	0.218	472	X-RAY DIFFRACTION	63	76
2.64-2.666	0.217	509	X-RAY DIFFRACTION	63	80
2.666-2.694	0.224	508	X-RAY DIFFRACTION	63	82
2.694-2.722	0.218	493	X-RAY DIFFRACTION	63	80
2.722-2.752	0.22	516	X-RAY DIFFRACTION	63	83
2.752-2.783	0.236	508	X-RAY DIFFRACTION	63	84
2.783-2.816	0.219	579	X-RAY DIFFRACTION	63	87
2.816-2.85	0.236	514	X-RAY DIFFRACTION	63	85
2.85-2.886	0.211	533	X-RAY DIFFRACTION	63	87
2.886-2.924	0.257	539	X-RAY DIFFRACTION	63	87
2.924-2.964	0.215	564	X-RAY DIFFRACTION	63	89
2.964-3.006	0.238	557	X-RAY DIFFRACTION	63	90
3.006-3.051	0.238	577	X-RAY DIFFRACTION	63	91
3.051-3.098	0.23	548	X-RAY DIFFRACTION	63	90
3.098-3.149	0.24	572	X-RAY DIFFRACTION	63	91
3.149-3.203	0.242	556	X-RAY DIFFRACTION	63	91
3.203-3.261	0.25	596	X-RAY DIFFRACTION	63	93
3.261-3.323	0.221	560	X-RAY DIFFRACTION	63	90
3.323-3.391	0.214	561	X-RAY DIFFRACTION	63	91
3.391-3.464	0.198	583	X-RAY DIFFRACTION	63	94
3.464-3.544	0.189	590	X-RAY DIFFRACTION	63	93
3.544-3.632	0.184	593	X-RAY DIFFRACTION	63	93
3.632-3.73	0.181	589	X-RAY DIFFRACTION	63	93
3.73-3.839	0.176	577	X-RAY DIFFRACTION	63	93
3.839-3.962	0.173	577	X-RAY DIFFRACTION	63	92
3.962-4.102	0.157	562	X-RAY DIFFRACTION	63	91
4.102-4.265	0.162	589	X-RAY DIFFRACTION	63	94
4.265-4.457	0.172	569	X-RAY DIFFRACTION	63	93
4.457-4.689	0.155	594	X-RAY DIFFRACTION	63	92
4.689-4.979	0.176	586	X-RAY DIFFRACTION	63	93
4.979-5.356	0.171	592	X-RAY DIFFRACTION	63	95
5.356-5.883	0.22	580	X-RAY DIFFRACTION	63	92
5.883-6.705	0.209	599	X-RAY DIFFRACTION	63	94
6.705-8.343	0.188	595	X-RAY DIFFRACTION	63	93
8.343-19.91	0.164	612	X-RAY DIFFRACTION	63	93

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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