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万見
- PDB-3e74: Crystal structure of E. coli allantoinase with iron ions at the m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+74
タイトルCrystal structure of E. coli allantoinase with iron ions at the metal center
要素Allantoinase
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha)8-barrel domain / small beta-sheet domain / Metal-binding / Purine metabolism / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase / allantoin assimilation pathway / allantoinase activity / purine nucleobase catabolic process / cobalt ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Allantoinase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...Allantoinase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kim, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of metal-dependent allantoinase from Escherichia coli
著者: Kim, K. / Kim, M.I. / Chung, J. / Ahn, J.H. / Rhee, S.
履歴
登録2008年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allantoinase
B: Allantoinase
C: Allantoinase
D: Allantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,85712
ポリマ－210,4104
非ポリマー4478
水15,583865
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.681, 92.450, 168.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Allantoinase / Allantoin-utilizing enzyme


分子量: 52602.523 Da / 分子数: 4 / 変異: V262I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: allB, glxB3, ybbX, b0512, JW0500 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77671, allantoinase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 % / Mosaicity: 0.607 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 2.25M NaCl, 0.1M Na/K phosphate (pH6.7), 10mM EDTA, 1%(w/v) PEG3350, 1.2%(w/v) myo-inositol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 148374 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.018
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 14604 / Χ2: 0.49 / % possible all: 98.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.33 / 反射: 85337
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se22.4530.67800.2470.451
2Se30.0030.7350.1120.3260.414
3Se27.010.6830.110.2780.415
4Se33.0650.6990.4950.1910.385
5Se24.9370.6190.4990.2030.269
6Se25.7590.2520.6480.1410.384
7Se35.5630.7080.4870.2260.476
8Se39.1170.6970.5980.2560.526
9Se37.4640.530.8940.3890.393
10Se22.3050.8670.5120.1520.284
11Se33.2230.7550.4860.1780.49
12Se28.160.5970.0920.2980.352
13Se37.90.5660.0530.3020.374
14Se30.9010.4120.7930.1370.391
15Se35.9470.4990.8870.410.382
16Se19.1820.360.9290.4170.309
17Se31.5350.2480.9230.3470.354
18Se42.6320.5920.0020.0060.247
19Se24.4640.420.7850.3580.373
20Se37.0690.8520.0960.3580.415
21Se40.3150.3580.6460.0750.395
22Se49.5070.4050.0770.50.444
23Se28.4510.6880.2660.4060.293
24Se33.0180.5270.690.1090.308
25Se36.9350.7110.3290.10.335
26Se28.8460.5860.5350.1980.238
27Se38.0590.4060.7360.0760.353
28Se42.1220.4120.6720.0820.319
29Se27.8420.6780.10.3130.263
30Se45.8750.7130.4560.1750.378
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.04-500.44059
5.69-9.040.447255
4.45-5.690.49300
3.77-4.450.3910928
3.33-3.770.3712259
3.01-3.330.3113231
2.77-3.010.2613945
2.58-2.770.214360
Phasing dmFOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.68 / 反射: 85338 / Reflection acentric: 82356 / Reflection centric: 2982
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-42.4850.890.910.7538453462383
4.5-7.10.890.890.811184911201648
3.6-4.50.890.890.811478814211577
3.1-3.60.790.790.681475214310442
2.7-3.10.610.610.542529924680619
2.5-2.70.420.420.341480514492313

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.12位相決定
RESOLVE2.12位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 26920 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 11882 7.9 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs-118552 79.3 %-
溶媒の処理Bsol: 61.118 Å2
原子変位パラメータBiso max: 85.5 Å2 / Biso mean: 29.915 Å2 / Biso min: 3.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-2.012 Å2
2--2.747 Å20 Å2
3----2.306 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13199 0 8 865 14072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.4672
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4572.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4kcx_edit.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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