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- PDB-3e6r: Crystal structure of apo-ferritin from Pseudo-nitzschia multiseries -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e6r
タイトルCrystal structure of apo-ferritin from Pseudo-nitzschia multiseries
要素Ferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferritin / apoferritin / iron storage / ferroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudo-nitzschia multiseries (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Murphy, M.E.P. / Arrieta, A.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Ferritin is used for iron storage in bloom-forming marine pennate diatoms.
著者: Marchetti, A. / Parker, M.S. / Moccia, L.P. / Lin, E.O. / Arrieta, A.L. / Ribalet, F. / Murphy, M.E. / Maldonado, M.T. / Armbrust, E.V.
履歴
登録2008年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0528
ポリマ－112,8606
非ポリマー1922
水12,899716
1
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,20732
ポリマ－451,43824
非ポリマー7698
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area67050 Å2
ΔGint-438 kcal/mol
Surface area137820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.572, 126.572, 170.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-347-

HOH

21D-262-

HOH

31F-286-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin


分子量: 18809.930 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudo-nitzschia multiseries (珪藻)
株: CLN 47 / 遺伝子: FTN / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE3) / 参照: UniProt: B6DMH6, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.4 M ammonium sulfate and 0.1 M ammonium acetate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9761 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月7日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing).
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9761 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 54922 / Num. obs: 52007 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.374
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.496.40.43652321.3896.8
2.49-2.596.40.35752071.30396.5
2.59-2.76.50.27951961.28696.2
2.7-2.856.50.20452061.27896
2.85-3.026.50.15752011.25895.8
3.02-3.266.50.11351971.37995.3
3.26-3.596.50.0851921.42494.8
3.59-4.16.10.07150441.8991.6
4.1-5.176.50.04352041.26393.4
5.17-1006.40.03553281.33691

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 6.606 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2628 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.195 54922 --
obs0.195 51813 94.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.61 Å2 / Biso mean: 25.654 Å2 / Biso min: 3.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7515 0 10 716 8241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.9410458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1095945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.29225.63405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.688151245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8181536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.23745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.25489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.54889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23327644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11833195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.634.52814
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 190 -
Rwork0.2 3670 -
all-3860 -
obs--96.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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