PDB-3e5t: Crystal Structure Analysis of FP611

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e5t

タイトル

Crystal Structure Analysis of FP611

要素

Red fluorescent protein eqFP611

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Chromophore / Luminescence / Photoprotein / red fluorescent protein

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Red fluorescent protein eqFP611

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Nar, H. / Nienhaus, K. / Nienhaus, U. / Wiedenmann, J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Trans-cis isomerization is responsible for the red-shifted fluorescence in variants of the red fluorescent protein eqFP611.
著者: Nienhaus, K. / Nar, H. / Heilker, R. / Wiedenmann, J. / Nienhaus, G.U.

履歴

登録	2008年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e5t.cif.gz	138.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e5t.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e5vC 3e5wC 1uisS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bxa-d 3svu-6 1x1b-d 4krh-2 6d2g-d 6d2e-d 6hdy-d 5ukg-1 6kvz-d 5z2l-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Red fluorescent protein eqFP611

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Red fluorescent protein eqFP611

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.638, 69.416, 41.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1388- HOH

#1: タンパク質	Red fluorescent protein eqFP611 / GFP-like chromoprotein / FP611 分子量: 27634.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) 解説: synonymous source organism name Parasicyonis actinostoloides 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15pREP4 / 参照: UniProt: Q8ISF8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 8000, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→10 Å / Num. all: 87481 / Num. obs: 71928 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 4 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26
反射シェル	解像度: 1.1→1.14 Å / R_merge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 82.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHELX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SHELXL-97		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UIS

1uis

解像度: 1.1→10 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.168	4609	random
R_work	0.116	-	-
all	0.131	87481	-
obs	-	71928	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.95 Å² / B_iso mean: 22.821 Å² / B_iso min: 7.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2084	0	0	458	2542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.035

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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