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万見
- PDB-3e59: Crystal structure of the PvcA (PA2254) protein from Pseudomonas a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+59
タイトルCrystal structure of the PvcA (PA2254) protein from Pseudomonas aeruginosa
要素Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
キーワードTRANSFERASE / PvcA / isonitrile / paerucumarin / 2-isocyano-6 / 7-dihydroxycoumarin
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tyrosine isonitrile synthase / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #140 / Isocyanide synthase/Spore wall maturation protein DIT1 / L-tyrosine isonitrile synthase / Pyoverdine/dityrosine biosynthesis protein / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / L-tyrosine isonitrile synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Drake, E.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Three-dimensional structures of Pseudomonas aeruginosa PvcA and PvcB, two proteins involved in the synthesis of 2-isocyano-6,7-dihydroxycoumarin.
著者: Drake, E.J. / Gulick, A.M.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
B: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
C: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
D: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,38512
ポリマ－149,5154
非ポリマー8708
水7,512417
1
A: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5693
ポリマ－37,3791
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7744
ポリマ－37,3791
非ポリマー3953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4742
ポリマ－37,3791
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Pyoverdine biosynthesis protein PvcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5693
ポリマ－37,3791
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.226, 132.530, 96.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pyoverdine biosynthesis protein PvcA


分子量: 37378.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: pvcA, PA2254 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I1L5
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 41-45% PEG 1000, 35-50 mM KH2PO4, 100 mM TrisHCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11131
21131
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-110.979
シンクロトロンSSRL BL9-120.97922, 0.97957, 0.9567
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年2月23日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年2月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979221
30.979571
40.95671
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 82701 / Num. obs: 77408 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.314 / % possible all: 0.618

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 9.798 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24618 3546 5 %RANDOM
Rwork0.19699 ---
all0.19955 ---
obs0.19955 67528 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å20 Å20.73 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---3.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9579 0 50 417 10046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.97213453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.29951238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19422.926458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72151573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.541593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.24402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.26794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.79726358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66839855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05624003
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.00833596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 57 -
Rwork0.221 1196 -
obs-1196 57.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5042-0.2279-0.01252.6813-0.73251.3836-0.07-0.10550.094-0.00810.2670.12130.0664-0.056-0.1971-0.1014-0.0028-0.0262-0.0666-0.0013-0.0934-5.70913.977-38.276
27.2417-0.5351-2.053610.62830.53369.1726-0.210.2595-0.3247-1.60840.4745-0.17390.52320.1712-0.26450.2391-0.1214-0.0611-0.13080.0275-0.2048-3.332-0.828-56.004
30.7084-0.2305-0.30012.01830.36640.4936-0.0983-0.1024-0.0670.09080.10230.16540.00650.0797-0.004-0.0760.02930.0063-0.0950.0632-0.0641-3.739-27.301-38.444
45.77152.2167-1.73427.2396-1.21082.24020.1189-0.02960.210.7962-0.0911.2153-0.0379-0.1123-0.028-0.12470.02490.1146-0.1550.0520.0845-22.2-13.639-31.463
51.70580.3341-0.25443.2786-0.23620.341-0.1860.0889-0.1174-0.24540.1641-0.16090.0625-0.03630.022-0.053-0.02630.0507-0.1247-0.0269-0.0884-17.0837.566-8.338
66.3579-0.4344-1.76279.7035-2.3083.1052-0.16280.13690.0339-1.20240.1808-2.00790.084-0.0191-0.018-0.083-0.04060.231-0.2315-0.10270.22051.4550.941-14.708
70.77370.0019-0.22732.20210.16551.4510.0044-0.0263-0.0017-0.08820.0511-0.0241-0.03740.0895-0.0556-0.0724-0.04740.0353-0.11860.0161-0.0963-15.71478.468-9.962
84.9445-1.12972.00567.18540.53895.81290.1924-0.2624-0.25010.8028-0.1207-0.16640.1851-0.1994-0.07170.0863-0.0673-0.0278-0.1050.0433-0.1512-18.29364.2288.55
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 26810 - 270
2X-RAY DIFFRACTION2AA280 - 317282 - 319
3X-RAY DIFFRACTION3BB8 - 26810 - 270
4X-RAY DIFFRACTION4BB280 - 318282 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5CC8 - 26810 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6CC280 - 317282 - 319
7X-RAY DIFFRACTION7DD6 - 2688 - 270
8X-RAY DIFFRACTION8DD280 - 318282 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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