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万見
- PDB-3e4p: Crystal structure of malonate occupied DctB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e4p
タイトルCrystal structure of malonate occupied DctB
要素C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
キーワードTRANSFERASE / PAS DOMAIN / N-TERM HELICAL DIMERIZATION DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3020 / Signal transduction histidine kinase, DctB (C4-dicarboxylate transport system regulator) / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3020 / Signal transduction histidine kinase, DctB (C4-dicarboxylate transport system regulator) / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Helix non-globular / Histidine kinase-like ATPases / Special / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / STRONTIUM ION / C4-dicarboxylate transport sensor protein DctB
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhou, Y.F. / Nan, J. / Nan, B.Y. / Liang, Y.H. / Panjikar, S. / Su, X.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: C4-dicarboxylates sensing mechanism revealed by the crystal structures of DctB sensor domain.
著者: Zhou, Y.F. / Nan, B.Y. / Nan, J. / Ma, Q.J. / Panjikar, S. / Liang, Y.H. / Wang, Y.P. / Su, X.D.
履歴
登録2008年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
B: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5207
ポリマ－66,0492
非ポリマー4715
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area22050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.980, 39.100, 111.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB / sensory histidine kinase


分子量: 33024.613 Da / 分子数: 2 / 断片: periplasmic sensor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: dctB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13633, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FEATURE OF UNIPROT (DCTB_RHIME P13633) SHOWS CONFLICT AT THE POSITION 174: N -> K (IN REF. 5). ...THE FEATURE OF UNIPROT (DCTB_RHIME P13633) SHOWS CONFLICT AT THE POSITION 174: N -> K (IN REF. 5). REFERENCE FOR THE POSITION 309 (K -> N) IS FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 14 (1982) 95-99, DEREPRESSION OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ACTIVITY IN RHIZOBIUM MELILOTI SUNDARAM S. MANIAN AND FERGAL O'GARA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.2 M SODIUM MALONATE PH 6.0, 13-15% PEG 3350, 5-10 mM STRONTIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.979
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.5 Å / Num. obs: 22061 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.12
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3E4P

3e4p


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 16.189 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1142 5.2 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 20919 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.02 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3854 0 17 113 3984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.9875336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9745503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58221.824159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.02715624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1861546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2490.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6771.52522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25624036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19831454
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5444.51300
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 84 -
Rwork0.245 1424 -
obs--93.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0114-0.5469-0.60780.49550.53482.3003-0.0196-0.0245-0.09750.0829-0.06610.0719-0.0180.10190.0857-0.0601-0.0169-0.0016-0.10980.0085-0.089623.46270.103841.3516
22.0757-1.0827-0.02831.92440.6892.38870.07890.14090.0541-0.1205-0.1270.1987-0.1649-0.22640.048-0.08010.0279-0.0081-0.0910.0071-0.067613.75513.236613.9486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA56 - 30549 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2BB56 - 30549 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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