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- PDB-3e3y: Q138F HincII bound to GTTAAC and cocrystallized with 5 mM Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e3y
タイトルQ138F HincII bound to GTTAAC and cocrystallized with 5 mM Ca2+
要素
  • 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'
  • Type-2 restriction enzyme HindII
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / endonuclease / indirect readout / Hydrolase / Nuclease / Restriction system / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, HincII / Restriction endonuclease HincII / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme HincII / Type II restriction enzyme HindII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Horton, N.C. / Babic, A.C. / Little, E.J. / Manohar, V.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: DNA distortion and specificity in a sequence-specific endonuclease.
著者: Babic, A.C. / Little, E.J. / Manohar, V.M. / Bitinaite, J. / Horton, N.C.
履歴
登録2008年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme HindII
B: Type-2 restriction enzyme HindII
E: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'
F: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3919
ポリマ－68,2424
非ポリマー1495
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9070 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.480, 91.640, 65.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme HindII / E.C.3.1.21.4 / R.HindII / Type II restriction enzyme HindII / Endonuclease HindII


分子量: 29839.109 Da / 分子数: 2 / 変異: Q138F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: hindIIR, HI0512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P44413, UniProt: P17743*PLUS, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'


分子量: 4281.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, 150 mM NaCl, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NaCl11
3HEPES11
4CaCl211
5H2O11
6PEG 400012
7NaCl12
8HEPES12
9CaCl212
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器日付: 2007年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 32390 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル最高解像度: 2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.13→43.058 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.844 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1606 4.96 %random 5%
Rwork0.18 ---
obs0.183 32369 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.111 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 72.53 Å2 / Biso mean: 32.447 Å2 / Biso min: 14.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.522 Å20 Å2-0.679 Å2
2--2.415 Å20 Å2
3----1.893 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→43.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3852 568 5 448 4873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9926347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6291641
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.13-2.1990.2851290.2128072936100
2.199-2.2770.2981490.21527602909100
2.277-2.3680.2721550.20227702925100
2.368-2.4760.2551490.19127842933100
2.476-2.6070.2621440.18327882932100
2.607-2.770.2571350.1828352970100
2.77-2.9840.2471490.17928082957100
2.984-3.2840.2231550.16127692924100
3.284-3.7590.1931610.15327762937100
3.759-4.7350.2031280.14428422970100
4.735-43.0670.221520.2062824297699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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