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万見
- PDB-3e3q: Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e3q
タイトルStructure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9
要素
  • H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
  • QL9 peptide
  • T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
  • TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / MHC / high affinity / cross reactivity / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / adaptive immune response / immune response
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain / TRAV9-4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Colf, L.A. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Distinct CDR3 conformations in TCRs determine the level of cross-reactivity for diverse antigens, but not the docking orientation.
著者: Jones, L.L. / Colf, L.A. / Stone, J.D. / Garcia, K.C. / Kranz, D.M.
履歴
登録2008年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
Q: QL9 peptide
D: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
E: TCR beta chain
B: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
G: QL9 peptide
C: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
F: TCR beta chain
c: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
f: QL9 peptide
d: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
e: TCR beta chain
H: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
K: QL9 peptide
I: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
J: TCR beta chain
L: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
O: QL9 peptide
M: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
N: TCR beta chain
P: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
T: QL9 peptide
R: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
S: TCR beta chain
U: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
X: QL9 peptide
V: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
W: TCR beta chain
Y: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
b: QL9 peptide
Z: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
a: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,72432
ポリマ－365,72432
非ポリマー00
水00
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
Q: QL9 peptide
D: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
E: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
G: QL9 peptide
C: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
F: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
c: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
f: QL9 peptide
d: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
e: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
K: QL9 peptide
I: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
J: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
L: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
O: QL9 peptide
M: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
N: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
P: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
T: QL9 peptide
R: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
S: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
U: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
X: QL9 peptide
V: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
W: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
Y: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
b: QL9 peptide
Z: T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
a: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7164
ポリマ－45,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.472, 160.458, 357.159
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量: 20541.621 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 25-199
変異: F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01897
#2: タンパク質・ペプチド
QL9 peptide


分子量: 1063.202 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in mouse
#3: タンパク質
T-cell receptor alpha chain V region PHDS58


分子量: 12071.595 Da / 分子数: 8 / 変異: L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01738, UniProt: Q5R1C2*PLUS
#4: タンパク質
TCR beta chain


分子量: 12039.129 Da / 分子数: 8 / 変異: G17E, G42E, H47Y, I77T, L81S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 93313 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 9386 / Χ2: 1.005 / % possible all: 97.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OI9

2oi9


解像度: 2.95→41.52 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 4687 4.9 %5%
Rwork0.25 ---
obs-93313 97.4 %-
溶媒の処理Bsol: 23.072 Å2
原子変位パラメータBiso max: 100.58 Å2 / Biso mean: 47.947 Å2 / Biso min: 18.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.959 Å20 Å20 Å2
2--1.017 Å20 Å2
3----6.976 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25808 0 0 0 25808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.465
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7472
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8042.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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