PDB-3e3n: The Glycogen phosphorylase b R state- AMP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e3n

タイトル

The Glycogen phosphorylase b R state- AMP complex

要素

Glycogen phosphorylase, muscle form

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOGENOLYSIS / INHIBITION / TYPE 2 DIABETES / Allosteric enzyme / Carbohydrate metabolism / Glycogen metabolism / Glycosyltransferase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Glycogen phosphorylase revisited: extending the resolution of the R- and T-state structures of the free enzyme and in complex with allosteric activators.
著者: Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Tsitsanou, K.E. / Skamnaki, V.T. / Stravodimos, G. / Kyriakis, E.

履歴

登録	2008年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Atomic model
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年9月15日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb3e3n.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e3n_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e3n_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	3e3n_validation.xml.gz	220.5 KB	表示
CIF形式データ	3e3n_validation.cif.gz	293.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e3lC 3e3oC 7p7dC 1abbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e3o-1 2qll-1 1gpa-2 3e3l-2 3e3o-2 3e3l-1 2ecp-d 1noi-2 2aw3-d 6f3s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (8) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (8)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

B: Glycogen phosphorylase, muscle form

C: Glycogen phosphorylase, muscle form

D: Glycogen phosphorylase, muscle form

E: Glycogen phosphorylase, muscle form

F: Glycogen phosphorylase, muscle form

G: Glycogen phosphorylase, muscle form

H: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

784 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

B: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

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196 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycogen phosphorylase, muscle form

D: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glycogen phosphorylase, muscle form

F: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Glycogen phosphorylase, muscle form

H: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
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5

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

B: Glycogen phosphorylase, muscle form

C: Glycogen phosphorylase, muscle form

D: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
392 kDa, 4 ポリマー
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6

E: Glycogen phosphorylase, muscle form

F: Glycogen phosphorylase, muscle form

G: Glycogen phosphorylase, muscle form

H: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
392 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	119.019, 188.079, 175.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glycogen phosphorylase, muscle form / Myophosphorylase / Glycogen phosphorylase b 分子量: 97519.320 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5 詳細: 1.2-1.4 M ammonium sulphate, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月24日
放射	モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→29.85 Å / Num. all: 189203 / Num. obs: 189160 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / R_sym value: 0.521 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1abb

1abb

解像度: 2.7→29.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 30.428 / SU ML: 0.29 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25609	9450	5 %	RANDOM
R_work	0.19193	-	-	-
obs	0.19517	179705	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.292 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	52898	0	264	350	53512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	54340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.297	1.961	73562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.915	5	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.476	23.404	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.633	15	9516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.459	15	492
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	7928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	41486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	24018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	36356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.518	1.5	33104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.873	2	52182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.045	3	24030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.763	4.5	21380
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.697→2.767 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	664	-
R_work	0.289	12819	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.23	-0.1116	0.1906	0.7832	-0.2188	0.7611	-0.0308	0.0904	0.1211	-0.0696	0.046	-0.0251	0.0045	0.0466	-0.0152	0.0593	-0.0426	0.0165	0.0554	-0.028	0.0534	-27.439	-23.6062	69.3126
2	1.2471	0.2384	0.3311	1.3189	-0.0121	0.8351	0.0749	0.0277	-0.0552	0.1184	-0.0755	-0.1637	-0.001	0.0882	0.0006	0.0906	-0.0454	0.0141	0.1299	0.0431	0.0106	6.5994	-21.1782	113.1372
3	0.7347	0.3283	0.1075	1.3728	0.1809	1.0876	0.1073	-0.114	-0.0148	0.3136	-0.1443	-0.0637	-0.006	0.085	0.037	0.0616	-0.0806	-0.0026	0.2429	0.0374	0.0852	34.2139	17.5669	87.697
4	0.7672	0.1274	0.0374	0.8258	-0.068	1.6518	-0.0267	0.0623	-0.0029	-0.105	0.0255	-0.003	0.2117	-0.0264	0.0013	0.0979	-0.0021	0.0187	-0.0031	0.0443	0.0852	-10.9821	26.4072	55.4493
5	0.625	0.2788	0.0746	1.2693	0.1723	1.1443	0.0617	-0.0614	-0.0431	0.2784	-0.0442	-0.1591	0.0227	0.0892	-0.0175	0.0324	-0.0196	-0.0321	0.183	0.0156	0.1323	5.5846	17.8065	171.5055
6	0.7828	0.1626	-0.0435	0.9477	-0.1964	1.4852	-0.0241	0.1522	-0.0252	-0.1538	0.0576	0.024	0.2599	-0.0667	-0.0335	0.131	-0.012	0.0099	0.0689	0.0535	0.1139	-39.616	27.4486	139.6354
7	1.3729	0.1207	0.0417	0.7766	-0.1127	0.6334	-0.0852	0.1796	0.1435	-0.0737	0.0942	-0.0128	-0.0362	0.0139	-0.009	0.0567	-0.0538	0.0265	0.0602	-0.0386	0.0316	-56.0205	-22.6531	151.6738
8	1.2131	0.1826	0.2035	1.5049	-0.0589	0.626	0.04	0.0312	-0.1417	0.1207	-0.0405	-0.3385	-0.0282	0.0642	0.0005	0.0533	-0.0247	-0.0273	0.0301	0.0344	0.0677	-22.0173	-21.4676	195.7991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 837
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 837
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 837
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 838
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	8 - 837
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	8 - 837
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	7 - 837
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	6 - 836

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関連情報:EMDBヘッダ

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