+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e3m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Silicibacter pomeroyi | ||||||
![]() | Transcriptional regulator, LacI family | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / STRUCTURAL GENOMICS / DNA-binding / Plasmid / Transcription regulation / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Iizuka, M. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Silicibacter pomeroyi 著者: Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Iizuka, M. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 240 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 190.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 450.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | authors state that the biological unit is probable dimer |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39402.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SPOA0242 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 100mM Hepes pH 7.0, 20% PEG 3350, 200mM sodium chloride, Vapor diffusion, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→87.833 Å / Num. all: 163765 / Num. obs: 156396 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 88241 / Num. unique all: 22479 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 93.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.37 Å2 / Biso mean: 22.032 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
|