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万見
- PDB-3e3j: Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e3j
タイトルCrystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA
要素
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DCP*DTP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
  • DNA-directed RNA polymerase
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*A)-3')
キーワードTransferase/RNA/DNA / T7 RNA Polymerase / DNA-directed RNA Polymerase / Transcription / Nucleotidyltransferase / Transferase / Transferase-RNA-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteriophage T7 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Durniak, K.J. / Bailey, S. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: The structure of a transcribing t7 RNA polymerase in transition from initiation to elongation
著者: Durniak, K.J. / Bailey, S. / Steitz, T.A.
履歴
登録2008年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA-directed RNA polymerase
T: DNA (28-MER)
N: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DCP*DTP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
B: DNA-directed RNA polymerase
X: DNA (28-MER)
Y: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DCP*DTP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
R: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,9838
ポリマ－243,9838
非ポリマー00
水00
1
B: DNA-directed RNA polymerase
X: DNA (28-MER)
Y: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DCP*DTP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
Z: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9914
ポリマ－121,9914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-30.6 kcal/mol
Surface area46070 Å2
手法PISA
2
C: DNA-directed RNA polymerase
T: DNA (28-MER)
N: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DCP*DTP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')
R: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9914
ポリマ－121,9914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-13.4 kcal/mol
Surface area45930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.216, 180.602, 198.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase


分子量: 99829.156 Da / 分子数: 2 / 変異: P266L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage T7 (ファージ) / 遺伝子: 1 / プラスミド: pBH161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 9788.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DCP*DTP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DC)-3')


分子量: 9744.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Non-template DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*A)-3')


分子量: 2629.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.27 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.5 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2PEG 600012
3MgCl211
4MgCl212
5Tris11
6Tris12

-
データ収集

回折平均測定温度: 77.4 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.7→50 Å / Num. obs: 6015 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.152
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
6.7-6.941.70.60139.7
6.94-7.222.10.48963.1
7.22-7.542.50.45183.8
7.54-7.9430.36694.2
7.94-8.433.30.25497.3
8.43-9.083.50.20399.4
9.08-9.993.90.16899.1
9.99-11.424.10.15498.8
11.42-14.334.30.13699.9
14.33-504.30.12397.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化開始モデル: PDB entry 3E2E

3e2e


解像度: 6.7→49.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.756 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.632 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 528.565 / SU ML: 4.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.568 / ESU R Free: 5.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.45419 274 4.6 %RANDOM
Rwork0.39222 ---
obs0.39486 5736 87.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.67 Å20 Å20 Å2
2---3.87 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.7→49.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13112 2294 0 0 15406
LS精密化 シェル解像度: 6.7→6.859 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 6 -
Rwork0.426 157 -
obs--33.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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