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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e3e | ||||||
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タイトル | Human Thioredoxin Double Mutant C35S,C73R | ||||||
要素 | Thioredoxin | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Phosphoprotein / Redox-active center | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Protein repair / cellular detoxification of hydrogen peroxide / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / negative regulation of protein export from nucleus / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to nitric oxide ...Protein repair / cellular detoxification of hydrogen peroxide / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / negative regulation of protein export from nucleus / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to nitric oxide / Detoxification of Reactive Oxygen Species / The NLRP3 inflammasome / protein-disulfide reductase activity / positive regulation of DNA binding / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / activation of protein kinase B activity / cell redox homeostasis / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to radiation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | ||||||
データ登録者 | Hall, G. / Emsley, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010 タイトル: Structure of human thioredoxin exhibits a large conformational change. 著者: Hall, G. / Emsley, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e3e.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e3e.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e3e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3e3e_validation.pdf.gz | 895.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3e3e_full_validation.pdf.gz | 897.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3e3e_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3e3e_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ertS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11788.464 Da / 分子数: 2 / 変異: C35S, C73R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TXN, TRDX, TRX, TRX1 / プラスミド: pETBlue-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P10599 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Na acetate, pH 4.6, and 30 % (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月15日 |
放射 | モノクロメーター: Nickel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20.5 Å / Num. obs: 13878 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.011→2.062 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1ert 解像度: 2.01→18.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.858 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.774 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→18.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.011→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
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