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万見
- PDB-3e2p: Catalytic subunit of M. Jannaschii aspartate transcarbamoylase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e2p
タイトルCatalytic subunit of M. Jannaschii aspartate transcarbamoylase in an orthorhombic crystal form
要素Aspartate carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Aspartate Transcarbamoylase / ATCase / pyrimidine biosynthesis / thermostability / Methanococcus jannaschii
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vitali, J. / Colaneri, M.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of the catalytic trimer of Methanococcus jannaschii aspartate transcarbamoylase in an orthorhombic crystal form.
著者: Vitali, J. / Colaneri, M.J.
#1: ジャーナル: PROTEINS / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the catalytic trimer of Methanococcus jannaschii aspartate transcarbamoylas
著者: Vitali, J. / Colaneri, M.J. / Kantrowitz, E.
履歴
登録2008年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase
C: Aspartate carbamoyltransferase
D: Aspartate carbamoyltransferase
E: Aspartate carbamoyltransferase
F: Aspartate carbamoyltransferase
I: Aspartate carbamoyltransferase
J: Aspartate carbamoyltransferase
K: Aspartate carbamoyltransferase
L: Aspartate carbamoyltransferase
M: Aspartate carbamoyltransferase
N: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)422,91216
ポリマ－422,52712
非ポリマー3844
水9,008500
1
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase
C: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7284
ポリマ－105,6323
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Aspartate carbamoyltransferase
E: Aspartate carbamoyltransferase
F: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7284
ポリマ－105,6323
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Aspartate carbamoyltransferase
J: Aspartate carbamoyltransferase
K: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7284
ポリマ－105,6323
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
L: Aspartate carbamoyltransferase
M: Aspartate carbamoyltransferase
N: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7284
ポリマ－105,6323
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase
C: Aspartate carbamoyltransferase
D: Aspartate carbamoyltransferase
E: Aspartate carbamoyltransferase
F: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,4568
ポリマ－211,2646
非ポリマー1922
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17290 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area67510 Å2
手法PISA
6
I: Aspartate carbamoyltransferase
J: Aspartate carbamoyltransferase
K: Aspartate carbamoyltransferase
L: Aspartate carbamoyltransferase
M: Aspartate carbamoyltransferase
N: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,4568
ポリマ－211,2646
非ポリマー1922
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16920 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area66720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.130, 167.930, 319.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 35210.621 Da / 分子数: 12 / 断片: catalytic subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PSJS1240 was also co-transformed
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: pyrB, MJ1581 / プラスミド: pEK406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EK1594 / 参照: UniProt: Q58976, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI (111) crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 92280 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 73.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 8844 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RGW

2rgw


解像度: 3→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 8653 -random
Rwork0.215 ---
all-92280 --
obs-86643 93.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29602 0 20 500 30122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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