PDB-3e2l: Crystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e2l

タイトル

Crystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP)

要素

Beta-lactamase inhibitory protein
Carbapenemase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Beta-lactamase / Beta-lactamase inhibitor protein / protein-protein complex / BLIP / KPC-2 / Antibiotic resistance / Hydrolase / Plasmid / Secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of beta-lactamase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

Streptomyces clavuligerus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Hanes, M.S. / Jude, K.M. / Berger, J.M. / Kirsch, J.F. / Bonomo, R.A. / Handel, T.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical characterization of the interaction between KPC-2 beta-lactamase and beta-lactamase inhibitor protein
著者: Hanes, M.S. / Jude, K.M. / Berger, J.M. / Bonomo, R.A. / Handel, T.M.

履歴

登録	2008年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3e2l.ent.gz	278.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	3e2l_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2l	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	3e2k-1 1w9h-d 5cwu-1 3h4t-d 6kd5-d 5cwu-8 3zlf-2 2bvf-1 6cwf-d 1xxm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbapenemase

B: Carbapenemase

C: Beta-lactamase inhibitory protein

D: Beta-lactamase inhibitory protein

91.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Carbapenemase

C: Beta-lactamase inhibitory protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Carbapenemase

D: Beta-lactamase inhibitory protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	162.243, 66.391, 82.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Carbapenemase / Class A carbapenemase / Beta-lactamase / Class A carbapenemase KPC-2 分子量: 28054.275 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-293 / 変異: G175S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPC-2, blaKPC-2 / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q93LQ9, UniProt: Q9F663*PLUS, beta-lactamase
#2: タンパク質	Beta-lactamase inhibitory protein / BLIP 分子量: 17556.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35804
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 8000, 6% ethylene glycol, 100mM citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月6日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→200 Å / Num. all: 71225 / Num. obs: 70092 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.084
反射シェル	解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.463 / % possible all: 90.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	51.79 Å
Translation	2.5 Å	51.79 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→51.786 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.61 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	3376	5.07 %
R_work	0.1688	-	-
obs	0.1711	66546	93.27 %
all	-	71225	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.929 Å² / k_sol: 0.337 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.226 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.88 Å²	-0 Å²	4.373 Å²
2-	-	-1.514 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.366 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→51.786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6307	0	0	702	7009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.124	8775
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.175	2236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	985
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1139

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.8935	0.3264	109	0.2531	1916	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8935-1.9218	0.274	101	0.252	2185	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9218-1.9518	0.3107	124	0.2328	2311	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9518-1.9838	0.2837	131	0.2102	2398	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9838-2.018	0.2553	152	0.1948	2538	X-RAY DIFFRACTION	91
2.018-2.0547	0.2077	151	0.1917	2575	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0547-2.0942	0.2338	149	0.1826	2547	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0942-2.137	0.2225	142	0.1724	2673	X-RAY DIFFRACTION	94
2.137-2.1834	0.2319	127	0.1669	2642	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1834-2.2342	0.2267	124	0.1648	2680	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2342-2.2901	0.2236	154	0.1736	2611	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2901-2.352	0.2274	114	0.1725	2695	X-RAY DIFFRACTION	95
2.352-2.4212	0.229	147	0.1657	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4212-2.4994	0.2301	181	0.167	2651	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4994-2.5887	0.2212	127	0.1654	2737	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5887-2.6923	0.2127	138	0.1636	2749	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6923-2.8149	0.2249	142	0.1721	2792	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8149-2.9633	0.2303	146	0.1756	2757	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9633-3.1489	0.1938	161	0.1739	2796	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1489-3.392	0.2348	137	0.1687	2820	X-RAY DIFFRACTION	99
3.392-3.7332	0.1931	136	0.1536	2835	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7332-4.2732	0.1737	172	0.1338	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2732-5.3829	0.147	162	0.1265	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3829-51.8059	0.1799	149	0.1527	2927	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	0.1805	-0.0301	-0.006	0.1003	-0.0194	0.1299	-0.0491	-0.5607	0.0875	0.1608	0.0414	0.0362	-0.0485	0.1445	0.0451	0.1802	-0.0496	-0.0413	0.2648	-0.0531	0.0841	41.1329	-10.7537	-20.0553
2		0.1324	0.0366	0.0656	0.0525	0.0819	0.0301	0.1707	-0.172	0.1269	-0.221	0.1141	0.1629	0.074	0.0862	-0.0002	0.1728	-0.0115	0.02	0.1374	-0.0013	0.1182
3		0.461	0.0225	0.1548	-0.0655	-0.0003	0.3766	0.042	0.046	0.0207	0.0106	-0.0395	-0.0098	-0.0006	0.1019	0.0839	0.083	-0.0133	-0.0056	0.0948	-0.0022	0.0594
4		0.2799	-0.0047	0.1088	-0.0071	-0.1271	0.0315	-0.1989	0.1765	-0.0166	-0.4706	0.0959	-0.1333	0.4249	-0.2623	0.0001	0.2292	-0.0605	-0.0116	0.1901	-0.0245	0.1188
5		0.1755	-0.1116	0.2163	0.2678	-0.2156	0.0811	-0.0063	-0.0241	-0.0008	-0.0167	0.0544	0.0316	0.0833	-0.1151	0.0021	0.1221	-0.0302	-0.0006	0.1122	0.0001	0.0785
6		0.0168	-0.0936	-0.0254	0.0623	-0.0296	0.0024	0.1814	0.3479	-0.2587	-0.0766	-0.133	0.1978	0.0208	0.1127	0.0039	0.1015	0.0099	-0.0145	0.1045	-0.0373	0.0904
7		0.0065	-0.1403	0	-0.002	0.1201	0.348	-0.0066	0.0973	-0.0104	0.0731	0.0825	0.0204	0.017	0.071	0	0.105	-0.0008	-0.0085	0.1537	-0.0094	0.0904
8		0.3194	0.0505	0.0275	0.0826	-0.1462	0.7422	0.0929	-0.0157	0.0238	0.0646	-0.037	0.0592	-0.1027	0.0723	0.2146	0.1066	-0.0062	0.0129	0.0894	-0.0019	0.07
9		0.5342	0.2344	-0.2093	-0.028	-0.2012	0.2919	0.1024	0.0198	0.0447	0.0315	-0.0642	0.0527	-0.0625	0.0683	0.0852	0.1133	-0.001	0.003	0.1086	-0.002	0.0629
10		0.3789	0.4473	-0.0825	0.3977	-0.0293	0.5929	0.1378	-0.126	-0.0352	0.1506	0.0134	0.3025	-0.2043	0.1113	0.2624	0.1467	-0.0126	0.0401	0.0996	-0.0035	0.0838
11		0.0446	0.0066	0.0047	0.0311	-0	0.0213	-0.098	-0.1936	-0.1737	0.1969	0.2052	0.0494	0.2769	-0.1155	0.0001	0.1869	0.009	-0.0259	0.1892	0.0414	0.1446
12		0.0884	-0.0445	-0.0149	-0.0618	-0.0525	0.3819	0.1204	-0.0457	0.0762	0.0521	0.0388	0.0094	-0.1102	0.1092	0.3851	0.179	-0.0202	0.024	0.147	-0.017	0.0546
13		0.0204	-0.0004	-0.0017	0.0137	0.0227	0.0052	0.0531	-0.0136	0.008	0.4086	-0.1222	0.1017	-0.2545	0.0145	-0	0.4104	-0.0451	0.0904	0.1503	-0.0389	0.1566
14		0.0024	-0.0157	-0.0138	0.0093	-0.0319	-0.0032	-0.3335	-0.2319	-0.6078	0.7514	-0.0305	0.4209	0.1169	0.0337	-0	0.6158	0.0019	0.3863	0.2727	0.0667	0.4961
15		0.0073	-0.0397	-0.0004	0.0185	-0.0463	0.0282	0.1531	0.1031	-0.1561	-0.1977	0.5992	0.2835	0.1149	-0.2042	0.0004	0.2784	-0.1002	0.049	0.2627	-0.0276	0.7288
16		0.0659	-0.1112	0.1331	0.1444	-0.0942	0.4139	-0.1671	0.3129	0.0755	0.0864	0.2699	0.8576	0.0678	-0.3059	-0.0201	0.1444	-0.073	0.1215	0.2757	-0.0079	0.6279
17		0.6449	-0.49	0.1383	0.452	0.0078	0.3605	-0.3252	-0.1017	-0.1302	-0.5331	0.5289	1.0216	-0.1405	-0.1341	0.0914	0.3159	-0.2138	-0.2521	0.1592	-0.0187	0.2488
18		0.8933	-0.1163	0.1747	0.132	0.0156	0.1204	-0.2086	0.4007	0.4601	-0.773	0.0509	-0.2437	-0.0288	-0.1589	-0.0091	0.5448	-0.1507	-0.0203	0.3074	0.0834	0.088
19		0.2602	0.0108	-0.0127	0.2772	-0.0398	0.0703	-0.2145	0.0336	-0.0181	-0.1925	0.0775	-0.0515	0.1261	0.1168	0.0001	0.1865	-0.0399	-0.0175	0.2229	0.0256	0.211
20		0.0197	0.0163	0.014	-0.0074	-0.0499	-0.003	-0.0637	0.1294	0.0723	-0.8982	0.234	0.3258	0.1561	-0.1377	0.0106	0.2609	-0.0727	-0.2693	0.393	0.1057	0.3241
21		-0.0064	0.0287	-0.0005	0.0046	-0.0029	-0.024	-0.045	0.194	0.0698	-0.1847	0.5223	0.7657	0.4189	-0.2174	0.0362	0.2579	-0.1577	-0.3194	0.4525	0.0382	0.7839
22		0.0159	0.1206	0.0236	0.1046	0.0824	0.0237	-0.0037	0.2441	0.5518	0.1028	0.3017	0.996	0.1266	-0.0338	0	0.1498	0.0152	0.0276	0.2239	0.0809	0.5783
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40		0.2551	-0.127	-0.014	0.1707	0.1506	0.0758	-0.015	-0.0471	-0.2145	-0.1622	0.0103	-0.039	0.1571	-0.1111	0.0001	0.1483	-0.0338	-0.0109	0.2205	0.0017	0.2237
41		-0.0386	-0.0981	0.0303	-0.0013	-0.0027	0.1161	0.1045	0.0492	-0.1256	-0.0887	-0.01	-0.0706	-0.1153	0.097	-0	0.1269	-0.0012	0.0262	0.1492	-0.0202	0.1787
42		0.3004	0.1114	0.1678	0.1344	-0.0456	0.5538	0.2925	-0.0202	0.0622	0.2676	0.1227	0.3971	-0.2437	-0.0555	0.0542	0.2335	0.0014	0.0848	0.1685	0.0108	0.1954
43		0.2146	0.0239	-0.0756	0.0064	-0.0175	0.3691	0.053	-0.0523	0.4615	0.7659	0.1561	1.0845	-0.743	0.0585	-0.0324	0.3627	0.1116	0.1795	0.1371	-0.007	0.5908
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45		-0.0042	-0.0162	-0.0092	-0.0002	0.0214	0.0346	-0.0548	-0.4393	0.266	-0.1053	-0.1906	0.027	-0.0583	-0.2096	-0.0003	0.5833	0.016	0.2847	0.3161	-0.0207	0.478
46		0.2577	-0.0963	0.3743	0.537	0.1573	0.5013	-0.2981	-0.1269	0.1504	-0.0893	0.2208	0.7438	0.1532	0.1007	-0.0002	0.1338	0.0329	0.0282	0.1219	0.0532	0.4353

精密化 TLSグループ

Selection details: chain D and resid 145:165)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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