PDB-3e2e: Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 7nt of RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e2e

タイトル

Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 7nt of RNA

要素

DNA (28-MER)
DNA (31-MER)
DNA-directed RNA polymerase
RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*G)-3')

キーワード

Transferase/RNA/DNA / T7 RNA Polymerase / DNA-directed RNA Polymerase / Transcription / Nucleotidyltransferase / Transferase / Transferase-RNA-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteriophage T7 (ファージ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Durniak, K.J. / Bailey, S. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: The structure of a transcribing t7 RNA polymerase in transition from initiation to elongation
著者: Durniak, K.J. / Bailey, S. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2008年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source ...diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / software Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2e	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase

R: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*UP*G)-3')

T: DNA (31-MER)

N: DNA (28-MER)

122 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.008, 81.008, 358.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase 分子量: 99829.156 Da / 分子数: 1 / 変異: P266L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage T7 (ファージ) / 遺伝子: 1 / プラスミド: pBH161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(GPGPGPAPGPUPG)-3') 分子量: 2316.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (31-MER) 分子量: 10121.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 10080.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Non-template DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.72 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.0 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 6000	1	1
2	PEG 6000	1	2
3	MgCl2	1	1
4	MgCl2	1	2
5	Tris	1	1
6	Tris	1	2

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 27490 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.081

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	2.5	0.62	1	49.4
3-3.12	4.1	0.485	1	88.9
3.12-3.27	6.3	0.371	1	99.7
3.27-3.44	7	0.245	1	100
3.44-3.65	7	0.161	1	100
3.65-3.94	7	0.117	1	99.9
3.94-4.33	7	0.096	1	99.9
4.33-4.96	7	0.086	1	99.9
4.96-6.24	6.9	0.082	1	100
6.24-50	6.8	0.052	1	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→37.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 56.162 / SU ML: 0.47 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29162	1330	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24044	-	-	-
obs	0.24296	24767	98.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.918 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.82 Å²	0.41 Å²	0 Å²
2-	-	0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6589	1351	0	73	8013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8248
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	2.159	11435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.93	5	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.431	24.169	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.638	15	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.048	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.161	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.085	1.5	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.143	2	6654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.102	2	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.165	2.5	4781
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	84	-
R_work	0.346	1521	-
obs	-	-	83.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.912	-1.5743	-1.8576	6.0129	1.488	5.5414	0.2337	-0.2133	0.2501	0.9909	-0.42	0.1832	0.1068	-0.637	0.1863	-0.0012	-0.1299	-0.0666	-0.3887	0.1672	-0.4633	31.1692	-45.6878	15.4715
2	6.0164	-0.245	3.8703	2.0388	-0.7361	3.5858	0.3086	-0.1903	0.1754	0.4533	-0.1245	0.1729	-0.127	-0.5907	-0.1842	-0.2459	-0.0534	0.206	-0.0882	0.0859	-0.3064	12.1021	-45.7034	4.6086
3	5.8361	-0.308	2.4841	2.4018	-0.7289	3.6033	0.1374	-0.0487	0.5411	0.2227	-0.1154	0.4071	-0.1854	-0.4013	-0.022	-0.2321	0.0368	0.1642	-0.3361	0.1185	-0.2764	19.198	-39.3555	1.055
4	4.1285	2.38	-1.4676	3.044	0.822	8.1363	0.0402	0.0818	-0.4395	0.3006	-0.3729	0.0156	0.489	0.0916	0.3327	-0.4138	0.0421	-0.1355	-0.4565	0.0336	-0.4368	40.659	-45.8019	-1.1125
5	3.2049	-1.9577	1.8788	6.1152	-2.7393	3.2932	0.1935	-0.0126	0.77	0.3771	-0.2153	0.3786	-0.9063	-0.4197	0.0218	0.1475	-0.08	0.0225	-0.0956	-0.0202	-0.202	32.359	-12.8822	4.0441
6	2.0351	0.2617	-0.3718	2.0013	0.323	3.2396	0.2892	-0.0933	0.4675	0.5879	-0.3719	-0.644	-0.6782	0.9204	0.0827	-0.2426	-0.2741	-0.2098	-0.0994	0.1853	-0.1333	55.5438	-22.0992	3.4502
7	3.228	0.866	0.4379	2.8374	1.6124	6.703	-0.0048	0.0574	-0.1407	0.1288	-0.4271	-0.9997	0.2244	0.9011	0.4319	-0.5817	-0.0122	-0.1774	-0.0294	0.2114	-0.1632	59.1123	-35.6266	-4.9114
8	0.2964	-0.7641	0.2438	3.8796	0.2939	0.6459	-0.1756	0.5486	0.2397	-0.3344	-0.0642	-0.0987	-0.3929	0.0797	0.2398	-0.2841	0.0661	0.1236	0.2322	0.2616	-0.0099	43.0131	-18.7576	-24.1263
9	8.3336	2.9718	6.0482	1.0606	2.1902	5.8246	0.0898	1.3377	0.3723	-0.4022	0.1187	0.1461	-0.0338	-0.5042	-0.2084	-0.561	0.1799	0.099	0.1621	0.128	-0.2076	39.2037	-35.0652	-24.0285
10	23.5724	6.4792	-5.1904	3.0442	-3.581	4.8166	-0.1685	-0.1097	-0.0931	0.1069	0.4527	0.0597	0.418	0.4417	-0.2841	-0.4276	0.1426	-0.0301	0.072	-0.1083	0.0291	13.5699	-39.7744	-15.7757
11	5.478	3.8383	4.3498	4.9898	3.6088	5.9494	0.0981	0.7489	-0.2663	-0.1305	0.1511	-0.8246	-0.0459	0.4242	-0.2492	-0.5341	0.1159	0.175	0.3004	0.1223	-0.0826	55.7107	-37.8451	-26.4074
12	2.9213	2.1969	0.352	2.1666	-0.6324	1.6072	-0.3767	0.3982	0.3819	-0.6701	0.2662	0.1277	-0.2347	-0.0304	0.1105	-0.122	0.1978	0.0609	0.2554	0.0992	0.5025	16.2082	-35.9936	-21.7069
13	3.3417	2.9234	-1.1452	3.2492	-0.372	2.1089	-0.5633	0.6219	0.3623	-0.4659	0.715	-0.455	-0.4632	0.28	-0.1518	-0.0266	0.0742	-0.2073	0.4241	0.1284	0.3211	13.2553	-32.2404	-24.8672
14	3.2647	-0.9348	-6.3247	54.4415	4.019	12.3429	-0.6796	0.8001	0.8674	-0.0087	-0.098	0.777	-1.1217	-0.4638	0.7776	0.0432	0.0305	0.0846	-0.0218	0.2046	-0.4672	34.2974	-22.7839	-8.4072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 56	15 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	73 - 163	79 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	178 - 254	184 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	264 - 324	270 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	325 - 410	331 - 416
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	411 - 552	417 - 558
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	784 - 836	790 - 842
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	553 - 738	559 - 744
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	769 - 783	775 - 789
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	739 - 768	745 - 774
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	837 - 883	843 - 889
12	X-RAY DIFFRACTION	12	T	C	1 - 16	1 - 16
13	X-RAY DIFFRACTION	12	T	C	19	19
14	X-RAY DIFFRACTION	12	T	C	20 - 33	20 - 33
15	X-RAY DIFFRACTION	13	N	D	101 - 113	1 - 13
16	X-RAY DIFFRACTION	13	N	D	119 - 133	19 - 33
17	X-RAY DIFFRACTION	14	R	B	1 - 7	1 - 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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