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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3.0E+21 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FAF-1 UBA Domain | ||||||
要素 | FAS-associated factor 1 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / UBA / Alternative splicing / Nucleus / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / protein kinase regulator activity / regulation of protein catabolic process / NF-kappaB binding / regulation of cell adhesion / ERAD pathway ...ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / protein kinase regulator activity / regulation of protein catabolic process / NF-kappaB binding / regulation of cell adhesion / ERAD pathway / heat shock protein binding / ubiquitin binding / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein catabolic process / nuclear envelope / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Park, J.K. / Kim, E.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of FAF-1 UBA Domain 著者: Park, J.K. / Kim, E.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e21.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e21.ent.gz | 11.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3e21_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3e21_full_validation.pdf.gz | 427.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3e21_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3e21_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4934.514 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubiquitin-associated Domain, UNP residues 5-47 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAF1 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UNN5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.65 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: wiggler / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→19.61 Å / Num. obs: 4463 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 6.72 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2DAM 解像度: 1.73→19.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 233801.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.4121 Å2 / ksol: 0.379249 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.73→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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