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- PDB-3e1m: Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) obtained afte... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e1m

タイトル

Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) obtained after soaking APO-BFR crystals for 2.5 minutes in FE2+ (2.5M FE(II)-BFR)

要素

BACTERIOFERRITIN

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / BACTERIOFERRITIN. RHOMBIC DODECAHEDRAL SUPERSTRUCTURE. / HEME / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Crow, A. / Lawson, T. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for iron mineralization by bacterioferritin
著者: Crow, A. / Lawson, T.L. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2008年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e1m.cif.gz	405.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e1m.ent.gz	330.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e1m_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e1m_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	3e1m_validation.xml.gz	73.8 KB	表示
CIF形式データ	3e1m_validation.cif.gz	91.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e1jC 3e1lC 3e1nC 3e1oC 3e1pC 3e1q C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ghq-1 6p8k-1 3e1p-1 3e1q-1 3isf-1 1bcf-1 3bkn-1 2vxi-1 2y3q-1 3uoi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (6)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

229 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
459 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.972, 207.972, 142.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
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32	1	H
33	1	I
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35	1	K
36	1	L
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45	1	I
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48	1	L
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33	9	H
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6	1	12	MET	MET	ARG	ARG	1	E	E	1 - 102	1 - 102
7	1	12	MET	MET	ARG	ARG	1	F	F	1 - 102	1 - 102
8	1	12	MET	MET	ARG	ARG	1	G	G	1 - 102	1 - 102
9	1	12	MET	MET	ARG	ARG	1	H	H	1 - 102	1 - 102
10	1	12	MET	MET	ARG	ARG	1	I	I	1 - 102	1 - 102
11	1	12	MET	MET	ARG	ARG	1	J	J	1 - 102	1 - 102
12	1	12	MET	MET	ARG	ARG	1	K	K	1 - 102	1 - 102
13	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	L	L	104 - 156	104 - 156
14	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	A	A	104 - 156	104 - 156
15	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	B	B	104 - 156	104 - 156
16	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	104 - 156	104 - 156
17	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	D	D	104 - 156	104 - 156
18	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	E	E	104 - 156	104 - 156
19	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	F	F	104 - 156	104 - 156
20	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	G	G	104 - 156	104 - 156
21	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	H	H	104 - 156	104 - 156
22	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	I	I	104 - 156	104 - 156
23	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	J	J	104 - 156	104 - 156
24	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	K	K	104 - 156	104 - 156
25	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	L	L	157 - 158	157 - 158
26	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	A	A	157 - 158	157 - 158
27	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	B	B	157 - 158	157 - 158
28	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	C	C	157 - 158	157 - 158
29	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	D	D	157 - 158	157 - 158
30	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	E	E	157 - 158	157 - 158
31	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	F	F	157 - 158	157 - 158
32	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	G	G	157 - 158	157 - 158
33	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	H	H	157 - 158	157 - 158
34	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	I	I	157 - 158	157 - 158
35	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	J	J	157 - 158	157 - 158
36	3	12	GLU	GLU	GLY	GLY	1	K	K	157 - 158	157 - 158
37	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	L	OB - PB	300 - 301
38	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	A	N - O	300 - 301
39	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	B	S - T	300 - 301
40	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	C	Y - Z	300 - 301
41	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	D	CA - DA	300 - 301
42	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	E	HA - IA	300 - 301
43	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	F	LA - MA	300 - 301
44	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	G	RA - SA	300 - 301
45	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	H	XA - YA	300 - 301
46	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	I	BB - CB	300 - 301
47	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	J	GB - HB	300 - 301
48	4	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	K	KB - LB	300 - 301
49	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	L	NB	250
50	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	A	M	250
51	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	B	R	250
52	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	C	X	250
53	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	D	BA	250
54	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	E	GA	250
55	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	F	KA	250
56	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	G	QA	250
57	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	H	WA	250
58	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	I	AB	250
59	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	J	FB	250
60	5	12	SO4	SO4	SO4	SO4	1	K	JB	250
61	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	L	QB	400
62	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	A	P	400
63	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	B	U	400
64	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	C	AA	400
65	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	D	EA	400
66	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	E	JA	400
67	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	F	NA	400
68	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	G	TA	400
69	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	H	ZA	400
70	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	I	DB	400
71	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	J	IB	400
72	6	12	FE2	FE2	FE2	FE2	1	K	MB	400
1	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	1	B	W	200
2	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	1	D	FA	200
3	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	1	F	PA	200
4	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	1	G	VA	200
5	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	1	I	EB	200
6	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	1	L	RB	200
1	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	1	D	FA	200
2	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	1	B	W	200
3	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	1	F	PA	200
4	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	1	G	VA	200
5	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	1	I	EB	200
6	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	1	L	RB	200
1	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	1	F	PA	200
2	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	1	B	W	200
3	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	1	D	FA	200
4	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	1	G	VA	200
5	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	1	I	EB	200
6	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	1	L	RB	200
1	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	1	G	VA	200
2	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	1	B	W	200
3	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	1	D	FA	200
4	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	1	F	PA	200
5	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	1	I	EB	200
6	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	1	L	RB	200
1	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	1	I	EB	200
2	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	1	B	W	200
3	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	1	D	FA	200
4	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	1	F	PA	200
5	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	1	G	VA	200
6	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	1	L	RB	200
1	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	1	L	RB	200
2	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	1	B	W	200
3	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	1	D	FA	200
4	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	1	F	PA	200
5	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	1	G	VA	200
6	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	1	I	EB	200
7	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	1	L	RB	200

NCSアンサンブル:

-
要素

#1: タンパク質	BACTERIOFERRITIN / BFR / CYTOCHROME B-1 / CYTOCHROME B-557 分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: BFR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, APO-BFR CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYOPROTECTANCT CONTAINING FE2+ AND BUFFERED USING MOPS PH 7 IN PLACE OF CITRATE PH 5. ...詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, APO-BFR CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYOPROTECTANCT CONTAINING FE2+ AND BUFFERED USING MOPS PH 7 IN PLACE OF CITRATE PH 5. EXPOSURE TO IRON WAS LIMITED TO 2.5 MINUTES BEFORE FLASH FREEZING IN LIQUID NITROGEN. SEE PAPER FOR FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00

結晶

マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, APO-BFR CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYOPROTECTANCT CONTAINING FE2+ AND BUFFERED USING MOPS PH 7 IN PLACE OF CITRATE PH 5. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.74
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→32 Å / Num. obs: 73181 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / R_sym value: 0.225 / % possible all: 46.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→32.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 10.945 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.456 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	3678	5 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
obs	0.242	69466	85.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15804	0	374	246	16424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	16420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.76	2.026	22188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.062	5	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.842	25.067	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.711	15	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.766	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	8346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	11140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.019	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.5	9761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.028	2	15168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.827	3	7528
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.845	4.5	7008
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1304	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	1304	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	1304	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	1304	tight positional	0.01	0.05
1	5	E	1304	tight positional	0.01	0.05
1	6	F	1304	tight positional	0.01	0.05
1	7	G	1304	tight positional	0.01	0.05
1	8	H	1304	tight positional	0.01	0.05
1	9	I	1304	tight positional	0.01	0.05
1	10	J	1304	tight positional	0.01	0.05
1	11	K	1304	tight positional	0.01	0.05
1	12	L	1304	tight positional	0.01	0.05
2	1	B	1304	tight positional	0.01	0.05
2	2	A	1304	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	1304	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	1304	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	1304	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	1304	tight positional	0.01	0.05
2	7	G	1304	tight positional	0.01	0.05
2	8	H	1304	tight positional	0.01	0.05
2	9	I	1304	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	1304	tight positional	0.01	0.05
2	11	K	1304	tight positional	0.01	0.05
2	12	L	1304	tight positional	0.01	0.05
3	1	C	1304	tight positional	0.01	0.05
3	2	A	1304	tight positional	0.01	0.05
3	3	B	1304	tight positional	0.01	0.05
3	4	D	1304	tight positional	0.01	0.05
3	5	E	1304	tight positional	0.01	0.05
3	6	F	1304	tight positional	0.01	0.05
3	7	G	1304	tight positional	0.01	0.05
3	8	H	1304	tight positional	0.01	0.05
3	9	I	1304	tight positional	0.01	0.05
3	10	J	1304	tight positional	0.01	0.05
3	11	K	1304	tight positional	0.01	0.05
3	12	L	1304	tight positional	0.01	0.05
4	1	D	1304	tight positional	0.01	0.05
4	2	A	1304	tight positional	0.01	0.05
4	3	B	1304	tight positional	0.01	0.05
4	4	C	1304	tight positional	0.01	0.05
4	5	E	1304	tight positional	0.01	0.05
4	6	F	1304	tight positional	0.01	0.05
4	7	G	1304	tight positional	0.01	0.05
4	8	H	1304	tight positional	0.01	0.05
4	9	I	1304	tight positional	0.01	0.05
4	10	J	1304	tight positional	0.01	0.05
4	11	K	1304	tight positional	0.01	0.05
4	12	L	1304	tight positional	0.01	0.05
5	1	E	1304	tight positional	0.01	0.05
5	2	A	1304	tight positional	0.01	0.05
5	3	B	1304	tight positional	0.01	0.05
5	4	C	1304	tight positional	0.01	0.05
5	5	D	1304	tight positional	0.01	0.05
5	6	F	1304	tight positional	0.01	0.05
5	7	G	1304	tight positional	0.01	0.05
5	8	H	1304	tight positional	0.01	0.05
5	9	I	1304	tight positional	0.01	0.05
5	10	J	1304	tight positional	0.01	0.05
5	11	K	1304	tight positional	0.01	0.05
5	12	L	1304	tight positional	0.01	0.05
6	1	F	1304	tight positional	0.01	0.05
6	2	A	1304	tight positional	0.01	0.05
6	3	B	1304	tight positional	0.01	0.05
6	4	C	1304	tight positional	0.01	0.05
6	5	D	1304	tight positional	0.01	0.05
6	6	E	1304	tight positional	0.01	0.05
6	7	G	1304	tight positional	0.01	0.05
6	8	H	1304	tight positional	0.01	0.05
6	9	I	1304	tight positional	0.01	0.05
6	10	J	1304	tight positional	0.01	0.05
6	11	K	1304	tight positional	0.01	0.05
6	12	L	1304	tight positional	0.01	0.05
7	1	G	1304	tight positional	0.01	0.05
7	2	A	1304	tight positional	0.01	0.05
7	3	B	1304	tight positional	0.01	0.05
7	4	C	1304	tight positional	0.01	0.05
7	5	D	1304	tight positional	0.01	0.05
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10	2	A	12	medium thermal	0.04	2
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10	11	K	12	medium thermal	0.02	2
10	12	L	12	medium thermal	0.03	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	125	-
R_work	0.356	2531	-
obs	-	-	42.58 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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