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- PDB-3e1k: Crystal structure of Kluyveromyces lactis Gal80p in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e1k
タイトルCrystal structure of Kluyveromyces lactis Gal80p in complex with the acidic activation domain of Gal4p
要素
  • Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
  • Lactose regulatory protein LAC9
キーワードTRANSCRIPTION / transctiption / repressor / trans-activation / Carbohydrate metabolism / DNA-binding / Galactose metabolism / Transcription regulation / Activator / Metal-binding / Nucleus / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotide binding / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Gal80p, C-terminal domain / Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / : / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. ...: / Gal80p, C-terminal domain / Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / : / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Basic-leucine zipper domain superfamily / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lactose regulatory protein LAC9 / Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Interaction between an Acidic Transcriptional Activator and Its Inhibitor: THE MOLECULAR BASIS OF Gal4p RECOGNITION BY Gal80p.
著者: Thoden, J.B. / Ryan, L.A. / Reece, R.J. / Holden, H.M.
履歴
登録2008年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Lactose regulatory protein LAC9
C: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
D: Lactose regulatory protein LAC9
E: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
F: Lactose regulatory protein LAC9
G: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
H: Lactose regulatory protein LAC9
I: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
J: Lactose regulatory protein LAC9
K: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
L: Lactose regulatory protein LAC9
M: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
N: Lactose regulatory protein LAC9
O: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
P: Lactose regulatory protein LAC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,90216
ポリマ－438,90216
非ポリマー00
水00
1
A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Lactose regulatory protein LAC9
C: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
D: Lactose regulatory protein LAC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7254
ポリマ－109,7254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
2
E: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
F: Lactose regulatory protein LAC9
G: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
H: Lactose regulatory protein LAC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7254
ポリマ－109,7254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
3
I: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
J: Lactose regulatory protein LAC9
K: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
L: Lactose regulatory protein LAC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7254
ポリマ－109,7254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31640 Å2
手法PISA
4
M: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
N: Lactose regulatory protein LAC9
O: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
P: Lactose regulatory protein LAC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7254
ポリマ－109,7254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.100, 160.500, 132.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80


分子量: 52174.902 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: GAL80 / プラスミド: pET31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q06433
#2: タンパク質・ペプチド
Lactose regulatory protein LAC9


分子量: 2687.799 Da / 分子数: 8 / Fragment: UNP residues 844-865 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in yeast / 参照: UniProt: P08657

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES, 20-25% (w/v) pentaerythritol propoxylate 5/4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 75005 / Num. obs: 75005 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4730 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 55.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NVW

2nvw


解像度: 3→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 7561 -random
Rwork0.228 ---
all0.231 75005 --
obs0.231 74757 88.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 100 Å2 / Biso mean: 42.069 Å2 / Biso min: 1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26057 0 0 0 26057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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