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- PDB-3e1f: E.Coli (lacZ) beta-galactosidase (H418E) in complex with galactose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e1f
タイトルE.Coli (lacZ) beta-galactosidase (H418E) in complex with galactose
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / His-418-Glu BETA-GALACTOSIDASE HYDROLASE TIM BARREL (ALPHA/BETA BARREL) JELLY-ROLL BARREL IMMUNOGLOBULIN BETA SUPERSANDWICH / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Huber, R.E. / Dugdale, M.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Direct and indirect roles of His-418 in metal binding and in the activity of beta-galactosidase (E. coli).
著者: Juers, D.H. / Rob, B. / Dugdale, M.L. / Rahimzadeh, N. / Giang, C. / Lee, M. / Matthews, B.W. / Huber, R.E.
履歴
登録2008年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Beta-galactosidase
2: Beta-galactosidase
3: Beta-galactosidase
4: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,676108
ポリマ－465,9894
非ポリマー7,687104
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19670 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area135010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.370, 152.870, 132.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 1234

#1: タンパク質
Beta-galactosidase / Lactase


分子量: 116497.234 Da / 分子数: 4 / 断片: BETA-GALACTOSIDASE / 変異: H418E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His tag / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: lacZ, b0344, JW0335 / プラスミド: pBAD/HIS/LACZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: P00722, beta-galactosidase
#5: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 424分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si (111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→98.54 Å / Num. all: 90713 / Num. obs: 90713 / Observed criterion σ(F): 0 / Limit h max: 41 / Limit h min: -42 / Limit k max: 50 / Limit k min: -42 / Limit l max: 44 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2426618.92 / Observed criterion F min: 43.396
反射 シェル最高解像度: 3 Å / Num. unique all: 90713

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JYX

1jyx


解像度: 3→98.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 32496 Nonpolymer 411 Solvent 324 CNS ...詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 32496 Nonpolymer 411 Solvent 324 CNS Parameter files: CNS_TOPPAR/protein_rep.param CNS_TOPPAR/water.param CNS_TOPPAR/ion.param ../cns_1/dms_xplor_par.txt ../cns_1/gal_xplor_par.txt CNS Topology files: CNS_TOPPAR/protein.top CNS_TOPPAR/water.top CNS_TOPPAR/ion.top ../cns_1/dms_xplor_par.txt ../cns_1/gal_xplor_top.txt
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 4529 5 %1.5%, consistent with previous structures.
Rwork0.218 ---
all-99534 --
obs-90712 91.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 25.6967 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 134.93 Å2 / Biso mean: 43.38 Å2 / Biso min: 1.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.08 Å20 Å2-0.54 Å2
2---4.42 Å20 Å2
3----8.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.55 Å
Luzzati d res high-3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→98.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32496 0 411 328 33235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.93
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3-3.140.3594574.50.32296410.017123721009881.6
3.14-3.30.3224914.60.288101740.015124301066585.8
3.3-3.510.3015615.10.254105090.013123811107089.4
3.51-3.780.25257550.221109300.011124721150592.2
3.78-4.160.2316185.20.201112320.009124171185095.4
4.16-4.760.2116105.10.17112860.009124431189695.6
4.76-60.2266055.10.192112290.009124631183494.9
6-98.540.2276125.20.212111820.009126251179493.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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