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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3.0E+19 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Iron Uptake Regulatory Protein (FeoA) Solved by Sulfur SAD in a Monoclinic Space Group | ||||||
![]() | FeoA | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION REGULATOR / METAL BINDING PROTEIN / transcriptional regulator / metal-binding / iron uptake / beta-barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hughes, R.C. / Li, Y. / Wang, B.-C. / Liu, Z.-J. / Ng, J.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Structure Determination of Iron Uptake Regulatory Protein (FeoA) by Sulfur SAD in a Monoclinic Space Group 著者: Hughes, R.C. / Li, Y. / Wang, B.-C. / Liu, Z.-J. / Ng, J.D. | ||||||
履歴 |
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Remark 40 | MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION AUTHORS : I.W.DAVIS,A.LEAVER-FAY,V.B.CHEN,J.N.BLOCK, : G.J.KAPRAL,X. ...MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION AUTHORS : I.W.DAVIS,A.LEAVER-FAY,V.B.CHEN,J.N.BLOCK, : G.J.KAPRAL,X.WANG,L.W.MURRAY,W.B.ARENDALL, : J.SNOEYINK,J.S.RICHARDSON,D.C.RICHARDSON REFERENCE : MOLPROBITY: ALL-ATOM CONTACTS AND STRUCTURE : VALIDATION FOR PROTEINS AND NUCLEIC ACIDS : NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2007;35:W375-83. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7982.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: OGL-20 / 遺伝子: OGL-20_FeoA / プラスミド: pET3a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Sodium Phosphate, Potassium Phosphate, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1.9 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 22.5 % / Av σ(I) over netI: 33.8 / 数: 454770 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.44 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20216 / % possible obs: 92.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20216 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ab initio 解像度: 2→19.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 3.351 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.723 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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