PDB-3e19: Crystal Structure of Iron Uptake Regulatory Protein (FeoA) Solved...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+19

タイトル

Crystal Structure of Iron Uptake Regulatory Protein (FeoA) Solved by Sulfur SAD in a Monoclinic Space Group

要素

FeoA

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / METAL BINDING PROTEIN / transcriptional regulator / metal-binding / iron uptake / beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus thioreducens (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hughes, R.C. / Li, Y. / Wang, B.-C. / Liu, Z.-J. / Ng, J.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic Structure Determination of Iron Uptake Regulatory Protein (FeoA) by Sulfur SAD in a Monoclinic Space Group
著者: Hughes, R.C. / Li, Y. / Wang, B.-C. / Liu, Z.-J. / Ng, J.D.

履歴

登録	2008年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 40

MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION AUTHORS : I.W.DAVIS,A.LEAVER-FAY,V.B.CHEN,J.N.BLOCK, : G.J.KAPRAL,X. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e19.cif.gz	69.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e19.ent.gz	52.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e19_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e19_full_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示
XML形式データ	3e19_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	3e19_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bi1 1bym 1g3s 2gcx
類似構造データ	3qv0-1 1p32-d 5jq4-3 5a88-d 1ww4-d 6p8p-d 6mjg-d 1yqf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FeoA

B: FeoA

C: FeoA

D: FeoA

ヘテロ分子

32.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FeoA

B: FeoA

C: FeoA

D: FeoA

ヘテロ分子

A: FeoA

B: FeoA

C: FeoA

D: FeoA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: FeoA

B: FeoA

C: FeoA

D: FeoA

ヘテロ分子

A: FeoA

B: FeoA

C: FeoA

D: FeoA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 8 ポリマー
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3

A: FeoA

D: FeoA

ヘテロ分子

A: FeoA

D: FeoA

ヘテロ分子

B: FeoA

C: FeoA

ヘテロ分子

B: FeoA

C: FeoA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 8 ポリマー
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4

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.786, 68.386, 68.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.67, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	FeoA 分子量: 7982.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌) 株: OGL-20 / 遺伝子: OGL-20_FeoA / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VWU5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Sodium Phosphate, Potassium Phosphate, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	298	1
2	298	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	1.9
シンクロトロン	APS	22-ID	2	1.9

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2007年12月9日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2007年12月9日

放射

ID	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

波長: 1.9 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 22.5 % / Av σ(I) over netI: 33.8 / 数: 454770 / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 1.44 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20216 / % possible obs: 92.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	50	98.2	1	0.04	1.379	22.5
3.42	4.31	96.4	1	0.041	1.436	23.1
2.99	3.42	95.3	1	0.047	1.58	23.2
2.71	2.99	94.2	1	0.053	1.556	23.2
2.52	2.71	93.2	1	0.057	1.441	23.1
2.37	2.52	92	1	0.062	1.364	23.1
2.25	2.37	91	1	0.066	1.316	22.9
2.15	2.25	90	1	0.074	1.379	22.3
2.07	2.15	89.3	1	0.085	1.381	21.7
2	2.07	86.7	1	0.104	1.569	19.5

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20216 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 22.5 % / R_merge(I) obs: 0.048

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	19.5	0.104	1,2	86.7
2.07-2.15	21.7	0.085	1,2	89.3
2.15-2.25	22.3	0.074	1,2	90
2.25-2.37	22.9	0.066	1,2	91
2.37-2.52	23.1	0.062	1,2	92
2.52-2.71	23.1	0.057	1,2	93.2
2.71-2.99	23.2	0.053	1,2	94.2
2.99-3.42	23.2	0.047	1,2	95.3
3.42-4.31	23.1	0.041	1,2	96.4
4.31-50	22.5	0.04	1,2	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: ab initio

解像度: 2→19.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 3.351 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22789	1039	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17291	-	-	-
obs	0.17576	19064	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2134	0	11	181	2326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.864	2.02	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.154	3	3788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.335	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.098	21.887	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.869	15	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.201	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.24	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.292	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.259	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.078	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.373	1.5	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.287	1.5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.032	2	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.198	3	735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.145	4.5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	83	-
R_work	0.17	1265	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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