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万見
- PDB-3e17: Crystal structure of the second PDZ domain from human Zona Occludens-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+17
タイトルCrystal structure of the second PDZ domain from human Zona Occludens-2
要素Tight junction protein ZO-2
キーワードCELL ADHESION / domain swapping / Alternative promoter usage / Alternative splicing / Cell junction / Cell membrane / Disease mutation / Membrane / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / SH3 domain / Tight junction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of blood-brain barrier permeability / homotypic cell-cell adhesion / protein localization to cell-cell junction / GMP kinase activity / regulation of membrane permeability / establishment of endothelial intestinal barrier / cell-cell contact zone / cell-cell junction organization / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Signaling by Hippo ...positive regulation of blood-brain barrier permeability / homotypic cell-cell adhesion / protein localization to cell-cell junction / GMP kinase activity / regulation of membrane permeability / establishment of endothelial intestinal barrier / cell-cell contact zone / cell-cell junction organization / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Signaling by Hippo / intestinal absorption / RHOB GTPase cycle / maintenance of blood-brain barrier / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / protein tyrosine kinase binding / adherens junction / cell-cell adhesion / protein-macromolecule adaptor activity / transmembrane transporter binding / cadherin binding / protein domain specific binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tight junction protein ZO-2 / ZO-2, SH3 domain / Tight junction protein ZO / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain ...Tight junction protein ZO-2 / ZO-2, SH3 domain / Tight junction protein ZO / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tight junction protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chen, H. / Tong, S.L. / Teng, M.K. / Niu, L.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of the second PDZ domain from human zonula occludens 2
著者: Chen, H. / Tong, S. / Li, X. / Wu, J. / Zhu, Z. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2008年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tight junction protein ZO-2
B: Tight junction protein ZO-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0292
ポリマ－20,0292
非ポリマー00
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-33.2 kcal/mol
Surface area9070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.177, 41.325, 41.292
Angle α, β, γ (deg.)80.050, 68.630, 68.520
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tight junction protein ZO-2 / Zonula occludens protein 2 / Zona occludens protein 2 / Tight junction protein 2 / The second PDZ ...Zonula occludens protein 2 / Zona occludens protein 2 / Tight junction protein 2 / The second PDZ domain from human Zona Occludens-2


分子量: 10014.645 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 306-384 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TJP2, X104, ZO2 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9UDY2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 12% PEG8000, 0.1M Tris-HCl, pH8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 15928

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FNE

2fne


解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 804 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 15928 91.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.43 Å2 / Biso mean: 27.367 Å2 / Biso min: 15.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å2-0.72 Å2-0.17 Å2
2---0.06 Å21.2 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1224 0 0 203 1427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4982.0031639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3175157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47924.04347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.36915264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2051511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54421244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5113451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2134.5395
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 52 -
Rwork0.352 1122 -
all-1174 -
obs--89.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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