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万見
- PDB-3e0z: Crystal structure of a putative imidazole glycerol phosphate synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e0z
タイトルCrystal structure of a putative imidazole glycerol phosphate synthase homolog (eubrec_1070) from eubacterium rectale at 1.75 A resolution
要素protein of unknown function
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Domain of unknown function DUF3837 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Eubacterium rectale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function (RER070207001348) from Eubacterium rectale at 1.75 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein of unknown function
B: protein of unknown function
C: protein of unknown function
D: protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2208
ポリマ－50,7084
非ポリマー5134
水7,098394
1
A: protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8893
ポリマ－12,6771
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7832
ポリマ－12,6771
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8712
ポリマ－12,6771
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: protein of unknown function


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6771
ポリマ－12,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.790, 60.180, 59.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 105 / Label seq-ID: 4 - 106

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
protein of unknown function


分子量: 12676.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium rectale (バクテリア)
遺伝子: RER070207001348 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30.0000% PEG-6000, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.97895
シンクロトロンSSRL BL11-120.97872, 0.97931, 0.91837
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2008年6月15日Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2008年6月23日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978951
20.978721
30.979311
40.918371
反射解像度: 1.75→29.656 Å / Num. obs: 36433 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 13.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.75-1.82.50.5371.4666626600.53797.7
1.8-1.842.70.4871.6720826230.48797.9
1.84-1.94.80.4931.51190924900.49398.5
1.9-1.964.80.4021.91160824350.40298.5
1.96-2.024.80.3272.31156824120.32798.8
2.02-2.094.80.2852.51095823000.28598.8
2.09-2.174.80.2263.31059922270.22699
2.17-2.264.70.2193.21031121740.21999.1
2.26-2.364.80.1824.1985620650.18299.1
2.36-2.474.80.1664.3941019580.16699.3
2.47-2.614.80.1484.9912619070.14899.4
2.61-2.774.80.145848317680.1499.4
2.77-2.964.80.1175.8807416930.11799.6
2.96-3.24.80.1036.4759115890.10399.6
3.2-3.54.70.0857.4684214480.08599.8
3.5-3.914.70.0698.3617913040.06999.7
3.91-4.524.70.0678.2552511740.06799.7
4.52-5.534.70.0697.746689950.06999.9
5.53-7.834.60.0717.635487750.07199.9
7.83-29.664.30.0557.518964360.05598.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.656 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.559 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.PEG MOLECULES FROM CRYOPROTECTION CONDITIOIN ARE MODELED INTO THIS STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1801 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 36334 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20.13 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3431 0 34 394 3859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.9674967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6135959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7415457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22826.092174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.71915661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.333158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.3794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1140.32620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.51797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.51692
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.5521
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0850.327
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1440.359
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6232367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5783895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08853633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.97181530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.404111334
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1240 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.480.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.380.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.440.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.530.5
1AMEDIUM THERMAL0.862
2BMEDIUM THERMAL1.072
3CMEDIUM THERMAL0.992
4DMEDIUM THERMAL0.92
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 118 -
Rwork0.206 2545 -
all-2663 -
obs--97.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4083-0.0607-0.06560.77510.0840.34950.01940.0164-0.015-0.0713-0.0076-0.02050.00820.006-0.0118-0.0134-0.00430.0055-0.0129-0.0055-0.013236.088510.348420.1261
20.53140.3412-0.28640.87790.16960.47380.059-0.0030.0211-0.0669-0.04840.0174-0.0796-0.0482-0.0107-0.00760.00690.0055-0.02070.0053-0.010210.588310.751420.2696
31.01450.0315-0.12920.3175-0.38170.90990.0214-0.0394-0.0350.0165-0.02040.0092-0.00660.1027-0.001-0.0146-0.00070.0008-0.00690.004-0.019121.196811.1709-8.7057
40.5283-0.16840.01740.3869-0.30320.5769-0.0009-0.0229-0.03250.00490.0151-0.00240.00360.0301-0.0141-0.0142-0.0078-0.008-0.0026-0.0026-0.011446.798311.4711-9.0249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 1061 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1082 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3CC0 - 1071 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4DD0 - 1071 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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