PDB-3e0y: The crystal structure of a conserved domain from a protein of Geo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e0y

タイトル

The crystal structure of a conserved domain from a protein of Geobacter sulfurreducens PCA

要素

Conserved domain protein

キーワード

structural genomics / unknown function / APC87688.2 / conserved domain / Geobacter sulfurreducens PCA / PSI-2 / midwest center for structural genomics / MCSG / Protein Structure Initiative

機能・相同性

GAF domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / GAF domain protein, putative

機能・相同性情報

生物種

Geobacter sulfurreducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a conserved domain from a protein of Geobacter sulfurreducens PCA
著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e0y.cif.gz	67.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e0y.ent.gz	54.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e0y_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e0y_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	3e0y_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	3e0y_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qdg-1 5cq9-2 3t61-d 4f20-d 16vp-d 2r4l-1 2eza-d 2rez-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC87688.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Conserved domain protein

B: Conserved domain protein

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.421, 59.421, 223.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

authors state that the biological assembly is experimentally unknown. The A and B chains are expected to form a dimer.

#1: タンパク質	Conserved domain protein 分子量: 20373.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア) 株: PCA / 遺伝子: GSU1116 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q74E48
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15%(v/v) ethanol, 0.1M HEPES, 0.2M MgCl., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97959

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月17日 / 詳細: Mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	0.97959	1

反射

解像度: 3.1→42.3 Å / Num. all: 8896 / Num. obs: 8896 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 23.7

反射シェル

解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 834 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→42.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 48.329 / SU ML: 0.395 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29089	418	4.7 %	RANDOM
R_work	0.21649	-	-	-
all	0.21983	8419	-	-
obs	0.21983	8419	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2348	0	2	0	2350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.965	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.58	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.011	24.33	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.809	15	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.015	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.285	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.331	0.2	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.359	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.004	2	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.778	3	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.923	2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.505	3	759
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.103→3.183 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	27	-
R_work	0.29	567	-
obs	-	584	95.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9558	-1.2174	-0.9055	7.8995	0.9577	8.7723	-0.3874	-0.1726	0.3469	0.1462	0.2385	0.1919	0.1248	-0.3121	0.1489	0.0786	0.1751	-0.0262	-0.1939	-0.008	-0.0297	47.9918	7.6444	89.6845
2	6.7801	-1.1669	-1.1417	6.8114	0.8204	6.7514	0.1686	0.0927	-0.3092	-0.1971	-0.1796	-0.3012	0.2062	-0.2985	0.011	0.0502	0.2472	-0.029	-0.0349	-0.0132	-0.0094	31.5479	33.6328	97.9082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	75 - 238	11 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	74 - 238	10 - 174

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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