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- PDB-3dzu: Intact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dzu
タイトルIntact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with BVT.13, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3')
  • NCOA2 Peptide
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTranscription/DNA / DNA-binding / Host-virus interaction / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger / Activator / Diabetes mellitus / Disease mutation / Obesity / Phosphoprotein / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / nuclear vitamin D receptor binding / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / locomotor rhythm / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / aryl hydrocarbon receptor binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / white fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of BMP signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / BMP signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / cell maturation / cellular response to hormone stimulus / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / response to progesterone / fatty acid metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Nuclear receptor coactivator 2 ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(9cis)-retinoic acid / Chem-PLB / DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chandra, V. / Huang, P. / Hamuro, Y. / Raghuram, S. / Wang, Y. / Burris, T.P. / Rastinejad, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of the intact PPAR-gamma-RXR- nuclear receptor complex on DNA.
著者: Chandra, V. / Huang, P. / Hamuro, Y. / Raghuram, S. / Wang, Y. / Burris, T.P. / Rastinejad, F.
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月16日Group: Database references
改定 1.32016年11月16日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')
F: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3')
G: NCOA2 Peptide
E: NCOA2 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,16912
ポリマ－115,2026
非ポリマー9666
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13110 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area37060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.186, 66.907, 78.464
Angle α, β, γ (deg.)70.950, 82.560, 62.880
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1


分子量: 51527.863 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 11-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 48163.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 102-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CF

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')


分子量: 6176.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3')


分子量: 6090.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 GE

#5: タンパク質・ペプチド NCOA2 Peptide


分子量: 1621.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: Q15596

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非ポリマー , 3種, 6分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PLB / 2-[(2,4-DICHLOROBENZOYL)AMINO]-5-(PYRIMIDIN-2-YLOXY)BENZOIC ACID / 5-(2-PYRIMIDINYLOXY)-2-BENZOYLAMINOBENZOIC ACID / BVT-13


分子量: 404.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H11Cl2N3O4

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詳細

配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING IN CHAIN D CORRESPONDS TO ISOFORM-1, UNP ENTRY P37231

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-18% PEG 3350, 25mM MgCl2, 100mM NH4Cl, 5mM DTT and 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2MES11
3MES12
4MgCl212
5PEG 335012
6NH4Cl12
7DTT12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 16546 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.819
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.2-3.261.60.1156301.316168.7
3.26-3.311.80.0946311.614173.8
3.31-3.381.80.17681.023182.3
3.38-3.451.90.1357900.969190
3.45-3.5220.1248311.03192.8
3.52-3.620.1218480.95194.9
3.6-3.692.10.1198621.223196.2
3.69-3.792.10.1128711.201196.9
3.79-3.912.10.1018611.634197.1
3.91-4.032.20.0868911.328197.2
4.03-4.182.20.0798411.609197.2
4.18-4.342.20.0738741.761196.5
4.34-4.542.20.0728851.991197.4
4.54-4.782.20.0638552.001196.7
4.78-5.082.20.0578561.898195.7
5.08-5.472.20.068712.055196.6
5.47-6.022.30.0588542.348195.2
6.02-6.892.20.0588472.476195.4
6.89-8.672.20.0458592.685194.6
8.67-502.20.048213.854191.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→38.93 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 853 5.2 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs-16543 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.02 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å2-11.45 Å2-2.55 Å2
2---9.33 Å2-3.61 Å2
3---6.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5337 814 53 0 6204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.025
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 130 -
Rwork0.208 --
obs-2147 71.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4rea.par
X-RAY DIFFRACTION5plb.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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