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- PDB-3dzi: Crystal structure of human CD38 extracellular domain, ribose-5'-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dzi
タイトルCrystal structure of human CD38 extracellular domain, ribose-5'-phosphate intermediate/GTP complex
要素ADP-ribosyl cyclase 1
キーワードHYDROLASE / Noncovalent intermediate / GTP complex / R5P-GTP adduct / BETA SHEETS / ALPHA BUNDLE / Alternative splicing / Diabetes mellitus / Glycoprotein / Membrane / NAD / Polymorphism / Receptor / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / response to hydroperoxide / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / apoptotic signaling pathway / response to progesterone / female pregnancy / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE / Chem-RGT / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Jiang, H. / Graeff, R. / Lin, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Covalent and Noncovalent Intermediates of an NAD Utilizing Enzyme, Human CD38.
著者: Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Jiang, H. / Graeff, R. / Lin, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
履歴
登録2008年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase 1
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2335
ポリマ－60,7612
非ポリマー1,4733
水6,197344
1
A: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1162
ポリマ－30,3801
非ポリマー7351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1183
ポリマ－30,3801
非ポリマー7372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.669, 52.747, 65.133
Angle α, β, γ (deg.)106.09, 91.92, 95.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10 / CD38 antigen


分子量: 30380.393 Da / 分子数: 2 / 断片: Enzymatic domain: UNP residues 45-300 / 変異: Q49T, N100D, N164D, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZ(alpha)A / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 (Invitrogen) / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-RGT / 2-amino-9-{5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-9H-purin-6-yl 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranoside / (Ribose-5'-phosphate)-(guanosine-5'-triphosphate)


分子量: 735.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N5O21P4
#3: 化合物 ChemComp-N / ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE / 1-DEOXY-RIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 214.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O7P
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細AUTHORS STATE THAT THE LIGAND [N] IN THIS ENTRY IS A REACTION INTERMEDIATE, WITH THE (C1') ATOM ...AUTHORS STATE THAT THE LIGAND [N] IN THIS ENTRY IS A REACTION INTERMEDIATE, WITH THE (C1') ATOM HAVING SP2 HYBRIDIZATION (C1'H), NOT THE SP3 HYBRIDIZATION (C1'H2). AUTHORS ALSO STATE THAT THE LIGAND RGT THAT IS PRESENT IN THIS ENTRY IS ALSO AN UNSTABLE INTERMEDIATE AND THEREFORE THE DISTORTED LINKAGE BETWEEN RIBOSE-PHOSPHATE AND GTP MOIETIES REFLECTS THE CHEMISTRY OF THE REACTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 15% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月6日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→30 Å / Num. obs: 53519 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 82.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0021精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YH3

1yh3


解像度: 1.73→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.06 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2691 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 50238 95.8 %-
all-50238 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20.42 Å20.44 Å2
2--0.66 Å21.17 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 45 45 344 4534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.965862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0125502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72324.038208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0615742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1081530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.22098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.52575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5324114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53531992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0464.51748
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 176 -
Rwork0.238 3151 -
obs--82.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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