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万見
- PDB-3dyr: Crystal structure of E. coli thioredoxin mutant I76T in its oxidi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dyr
タイトルCrystal structure of E. coli thioredoxin mutant I76T in its oxidized form
要素Thioredoxin-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / mutant protein / Host-virus interaction / Redox-active center / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ren, G. / Bardwell, J.C.A. / Xu, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Properties of the thioredoxin fold superfamily are modulated by a single amino acid residue.
著者: Ren, G. / Stephan, D. / Xu, Z. / Zheng, Y. / Tang, D. / Harrison, R.S. / Kurz, M. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Hiniker, A. / Martin, J.L. / Heras, B. / Bardwell, J.C.
履歴
登録2008年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-1
B: Thioredoxin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7492
ポリマ－23,7492
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Thioredoxin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8751
ポリマ－11,8751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8751
ポリマ－11,8751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.790, 39.390, 90.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-1 / Trx-1


分子量: 11874.540 Da / 分子数: 2 / 変異: I76T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA25
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月2日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13739 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2-2.073.10.24994.7
2.07-2.153.20.19695.7
2.15-2.253.20.14896.5
2.25-2.373.20.11696.6
2.37-2.523.20.09497.3
2.52-2.713.30.07597.2
2.71-2.993.30.06497.4
2.99-3.423.30.05198.2
3.42-4.313.20.04698.1
4.31-503.20.04898.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25.649 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.41 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 1071 8.03 %
Rwork0.2512 --
obs0.2544 13345 94.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.456 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.378 Å2-0 Å22.172 Å2
2---1.491 Å2-0 Å2
3---4.869 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 0 135 1733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0382222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.898564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0890.3481290.2591429155888
2.089-2.20.3461250.2411470159591
2.2-2.3370.3271280.2391498162693
2.337-2.5180.3311380.2421528166694
2.518-2.7710.3281360.2621502163894
2.771-3.1710.2911410.2621568170997
3.171-3.9930.2411220.2291626174898
3.993-25.6510.2431520.2491653180598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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