[日本語] English
万見
- PDB-1prq: ACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN IA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1prq
タイトルACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN IA
要素PROFILIN IA
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / ACTIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin monomer binding / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / cell cortex
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Pollard, T.D. / Way, M. / Lattman, E.E. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal packing induces a conformational change in profilin-I from Acanthamoeba castellanii.
著者: Liu, S. / Fedorov, A.A. / Pollard, T.D. / Lattman, E.E. / Almo, S.C. / Magnus, K.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Molecular Basis for Allergen Cross-Reactivity: Crystal Structure and Ige-Epitope Mapping of Birch Pollen Profilin
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Mahoney, N.M. / Valenta, R. / Almo, S.C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: X-Ray Structures of Isoforms of the Actin-Binding Protein Profilin that Differ in Their Affinity for Phosphatidylinositol Phosphates
著者: Fedorov, A.A. / Magnus, K.A. / Graupe, M.H. / Lattman, E.E. / Pollard, T.D. / Almo, S.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Purification, Characterization and Crystallization of Acanthamoeba Profilin Expressed in Escherichia Coli
著者: Almo, S.C. / Pollard, T.D. / Way, M. / Lattman, E.E.
#4: ジャーナル: Annu.Rev.Cell Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of Actin Binding Proteins: Insights About Function at Atomic Resolution
著者: Pollard, T.D. / Almo, S. / Quirk, S. / Vinson, V. / Lattman, E.E.
履歴
登録1997年8月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROFILIN IA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9621
ポリマ－12,9621
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.090, 37.400, 34.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 PROFILIN IA


分子量: 12962.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68696
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 1.5 M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.1 Å / Num. obs: 3255 / % possible obs: 82.76 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: REFINED ACANTHAMOEBA PROFILIN IB STRUCTURE (1ACF)

1acf


解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.141 --
obs-3117 82.1 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数972 0 0 56 1028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.8521.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4572
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7733
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1240.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1880.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1930.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1630.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.32
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.710
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.310
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る