PDB-3dyj: Crystal Structure of the R11R12 Domains of Talin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dyj

タイトル

Crystal Structure of the R11R12 Domains of Talin

要素

TALIN-1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / TALIN / HELIX BUNDLES / CYTOSKELETAL PROTEIN / integrin-bindin site / IBS2 / Cell membrane / Cell projection / Cytoplasm / Cytoskeleton / Membrane / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Gingras, A.R. / Joyce, M.G. / Critchley, D.R. / Emsley, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural determinants of integrin binding to the talin rod
著者: Gingras, A.R. / Ziegler, W.H. / Bobkov, A.A. / Joyce, M.G. / Fasci, D. / Himmel, M. / Rothemund, S. / Ritter, A. / Grossmann, J.G. / Patel, B. / Bate, N. / Goult, B.T. / Emsley, J. / ...

履歴

登録	2008年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年8月25日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: database_2 / struct ...database_2 / struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dyj.cif.gz	134.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dyj.ent.gz	105.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dyj_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dyj_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	3dyj_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	3dyj_validation.cif.gz	38.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pho-1 2x8x-d 3597 4phq-4 4kzd-3 4phq-1 5le7-4 6yml-d 5le6-2 1hvv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (26) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TALIN-1

B: TALIN-1

70.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TALIN-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TALIN-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.713, 57.648, 92.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TALIN-1 分子量: 35232.207 Da / 分子数: 2 / 断片: TALIN ROD (UNP RESIDUES:1974-2293) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / プラスミド: PET-151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26039
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 1% PEG 3350, 100MM HEPES (PH 7.5), 10MM SODIUM THIOCYANATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 273K, pH 7.50, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9757
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日 / 詳細: GE(220) CRYSTAL AND MULTILAYER
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9757 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 52439 / % possible obs: 98.1 % / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.449 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→19.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.774 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25989	1300	2.6 %	RANDOM
R_work	0.2138	-	-	-
obs	0.215	49457	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.897 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.27 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4678	0	0	332	5010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4726
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.971	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.839	5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.945	25.227	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.849	15	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.169	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.304	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.074	1.5	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.683	2	5056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.28	3	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.068	4.5	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	87	-
R_work	0.287	3184	-
obs	-	-	87.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5505	0.3415	0.86	1.7147	-0.3874	4.1034	0.0246	-0.1086	-0.0301	0.1512	0.0276	-0.0183	0.0758	0.1268	-0.0523	-0.1191	-0.0054	0.026	-0.2	-0.0372	-0.1262	34.3896	32.407	4.4452
2	0.9228	1.0413	1.2	3.0154	3.3131	4.0151	0.0336	0.07	0.0203	0.0842	-0.0762	0.0447	0.082	-0.3274	0.0427	-0.1469	0.0002	0.0153	-0.0567	0.0233	-0.1061	19.7736	20.1333	-39.1872
3	1.4879	-0.36	0.4145	1.7613	0.6437	3.4692	0.0275	0.0419	-0.0814	0.0217	-0.0219	-0.0111	0.1253	-0.254	-0.0056	-0.1352	-0.0142	0.046	-0.1555	0.0255	-0.111	35.0512	2.9583	-49.7518
4	1.8257	-0.4312	0.8125	2.1967	-2.09	3.3783	-0.0716	0.1948	0.2259	0.0332	-0.0723	-0.1284	-0.0984	0.3598	0.144	-0.1081	-0.0338	-0.0093	0.0038	-0.0026	-0.0661	49.3447	-6.9696	-5.7673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1977 - 2001	16 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2012 - 2037	51 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2041 - 2069	80 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2074 - 2102	113 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2109 - 2136	148 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	2140 - 2161	179 - 200
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	2172 - 2194	211 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	2199 - 2224	238 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	2230 - 2259	269 - 298
10	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	2264 - 2289	303 - 328
11	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1977 - 2001	16 - 40
12	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2012 - 2037	51 - 76
13	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2041 - 2069	80 - 108
14	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2074 - 2102	113 - 141
15	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2109 - 2136	148 - 175
16	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2140 - 2161	179 - 200
17	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2172 - 2194	211 - 233
18	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2199 - 2224	238 - 263
19	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2230 - 2259	269 - 298
20	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2264 - 2289	303 - 328

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