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- PDB-3dy5: Allene oxide synthase 8R-lipoxygenase from Plexaura homomalla -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dy5
タイトルAllene oxide synthase 8R-lipoxygenase from Plexaura homomalla
要素Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
キーワードLYASE / OXIDOREDUCTASE / fusion protein / bi-functional enzyme / Dioxygenase / Fatty acid biosynthesis / Heme / Iron / Lipid synthesis / Membrane / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Oxylipin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / lipoxygenase pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / oxylipin biosynthetic process / arachidonic acid metabolic process / lipid oxidation / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process ...arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / lipoxygenase pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / oxylipin biosynthetic process / arachidonic acid metabolic process / lipid oxidation / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / iron ion binding / heme binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal ...Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plexaura homomalla (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Gilbert, N.C. / Niebuhr, M. / Tsuruta, H. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: A covalent linker allows for membrane targeting of an oxylipin biosynthetic complex.
著者: Gilbert, N.C. / Niebuhr, M. / Tsuruta, H. / Bordelon, T. / Ridderbusch, O. / Dassey, A. / Brash, A.R. / Bartlett, S.G. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2008年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
C: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,2846
ポリマ－243,9402
非ポリマー1,3454
水00
1
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,6423
ポリマ－121,9701
非ポリマー6722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,6423
ポリマ－121,9701
非ポリマー6722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.520, 77.493, 157.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 1066 / Label seq-ID: 3 - 1066

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2CB

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要素

#1: タンパク質 Allene oxide synthase-lipoxygenase protein / [Includes: Allene oxide synthase (EC 4.2.1.92) (Hydroperoxidehydrase) / and Arachidonate 8- ...[Includes: Allene oxide synthase (EC 4.2.1.92) (Hydroperoxidehydrase) / and Arachidonate 8-lipoxygenase (EC 1.13.11.40)]


分子量: 121969.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plexaura homomalla (無脊椎動物) / プラスミド: pTBfusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O16025, hydroperoxide dehydratase, arachidonate 8-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
配列の詳細AUTHORS STATE THAT IT MAY BE AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE SINCE THERE IS CLEARLY ILE AT THAT ...AUTHORS STATE THAT IT MAY BE AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE SINCE THERE IS CLEARLY ILE AT THAT POSITION ACCORDING TO ELECTRON DENSITY IN THIS AND ALL RELATED ENTRIES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: The drops were prepared with 2:1:1 mixtures of protein (5 mg/mL in 4 mM CaCl2), detergent (1.8 mM Triton X-100), and precipitant (16% PEG 3350, 4% Tacsimate pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: The drops were prepared with 2:1:1 mixtures of protein (5 mg/mL in 4 mM CaCl2), detergent (1.8 mM Triton X-100), and precipitant (16% PEG 3350, 4% Tacsimate pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→39.2 Å / Num. obs: 32748 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.135
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique all: 2833 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2FNQ, 1U5U

2fnq

1u5u


解像度: 3.51→20.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.848 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.792 / SU B: 108.329 / SU ML: 0.734 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.837 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32191 1644 5 %RANDOM
Rwork0.27264 ---
obs0.27513 30961 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 2.001 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å2-4.14 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→20.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16130 0 88 0 16218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02216644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.96722592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.50951990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53224.251828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.552152782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6711598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.28142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.211051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3490.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.510258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0216114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it037344
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.56474
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 8108 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal00.5
LS精密化 シェル解像度: 3.51→3.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 95 -
Rwork0.34 1861 -
obs--82.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1736-0.2380.70393.26850.41423.49990.23740.168-0.2585-0.0248-0.359-0.22850.3790.08880.12160.1552-0.0003-0.1239-0.0014-0.1097-0.043744.5333-77.7194-42.2131
23.240.4170.31442.94810.76942.5325-0.40550.46850.6022-0.10870.05370.1039-0.3654-0.17620.3518-0.0669-0.1724-0.0121-0.10720.24060.029-11.9085-35.8949-60.2001
33.30041.27830.87313.1371-0.08273.1679-0.08390.2762-0.2593-0.350.0001-0.24820.21850.31060.08390.00270.1201-0.0773-0.1891-0.1452-0.1640.5964-86.338-50.0209
46.8515-1.97212.04028.4483-1.29831.3420.5540.40030.1725-0.5925-0.17040.9329-0.6185-0.0541-0.38370.34870.3318-0.2689-0.2805-0.196-0.339631.3022-72.1847-45.6386
56.53732.17360.31183.9199-0.20162.2753-0.54590.89780.6865-0.62840.2780.157-0.36950.1640.2679-0.0283-0.1039-0.124-0.24230.2393-0.028-4.1992-27.272-64.3188
63.91122.20343.27852.55590.51254.1029-0.0672-0.5851-0.35310.29730.5828-0.33010.641.0146-0.5155-0.0691-0.06630.0338-0.27070.20920.04770.887-41.4271-55.3942
75.33532.5259-1.89983.3615-0.165619.0247-0.01040.4754-0.2628-0.4697-0.38360.5261-0.6555-0.08550.3939-0.10870.0696-0.0482-0.26450.04730.089824.628-45.5135-51.1702
88.36021.7794-7.36718.89996.128221.2729-0.0746-0.18910.4428-0.157-0.2787-0.30380.64360.03070.3533-0.1455-0.08990.0188-0.16360.00130.12749.5379-68.0948-56.0909
92.2160.93041.933.81641.97016.77660.05880.22370.1985-0.7028-0.03150.6261-0.36880.016-0.0273-0.0483-0.0025-0.1938-0.23720.0575-0.030731.3478-40.491-43.0645
105.79143.184-2.61585.6839-1.80522.8138-0.10380.0214-0.4640.0915-0.1503-1.31710.26880.28450.2541-0.13390.11510.0054-0.309-0.05030.1643-0.6204-73.1222-53.3275
1138.6785-9.96-48.405831.10236.522782.0542-0.2728-2.3963-2.8484-2.1821-3.45820.0523-2.88850.49953.7310.0555-0.1714-0.230.02720.25740.077918.1069-44.4086-19.1777
125.7573-7.61314.979512.7416-23.5111.2907-0.08110.2225-1.77380.1459-0.523-1.7581-0.54932.7790.6041-0.0051-0.17470.1781-0.008-0.17770.1206-3.5345-69.216-26.1719
137.6982-2.25810.82913.1523-1.22376.7907-0.2750.15220.05610.43580.22110.0949-0.37140.37650.054-0.0475-0.16320.05010.0585-0.1421-0.339942.5566-41.32248.6695
144.4011-1.53332.00765.97770.32986.4646-0.0174-0.3888-0.49270.3490.0865-0.30411.0066-0.5272-0.06910.1437-0.38380.03190.06840.0894-0.2934-39.5544-72.3186-17.4568
150.34170.8370.04222.787-0.85616.9213-0.1091-0.1990.44870.08720.06710.2046-0.44490.19760.042-0.2791-0.107-0.0147-0.1232-0.1242-0.227340.1269-39.1636-15.2495
161.8613-1.3479-2.74194.66920.88264.3686-0.0914-0.2089-0.48240.7547-0.0646-0.02530.6370.13510.156-0.1142-0.2102-0.0867-0.16430.08-0.3258-23.8041-74.4648-35.6253
172.66543.86572.04666.40130.57818.759-0.07950.06360.5723-0.6382-0.5199-0.3554-0.44990.86070.5994-0.1062-0.0155-0.1355-0.13930.0433-0.280951.2483-37.8766-29.3451
184.34510.75680.74594.41761.71865.85790.26780.4367-0.4175-0.4843-0.32910.2280.7591-0.66940.0614-0.3105-0.12060.1628-0.17360.006-0.4048-24.7907-75.7449-53.5524
191.0625-1.4111-1.80413.57653.17693.7613-0.1139-0.13390.21580.61150.09940.34230.7635-0.40830.0145-0.02440.0246-0.1133-0.05480.03350.018933.2262-47.7597-12.4631
203.31952.8636-3.32665.6323-5.41856.28970.4648-0.8068-0.15651.153-0.3205-0.2452-0.68090.7631-0.14440.1730.0131-0.2053-0.2066-0.0225-0.023-19.7657-65.8697-29.3739
210.17440.0586-0.56122.6723-5.043310.69090.40850.3538-0.4954-0.05040.22470.03520.77030.9333-0.6332-0.0523-0.0789-0.1039-0.1586-0.126-0.157739.2944-59.1989-13.5297
221.0499-2.6273-2.16316.63874.88028.8945-0.3159-0.03721.02670.663-0.4034-0.678-0.0298-0.43710.7193-0.1599-0.22390.0333-0.29420.2081-0.3229-24.1195-54.4302-33.7317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 833 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2CB3 - 833 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3AA84 - 32084 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4AA321 - 367321 - 367
5X-RAY DIFFRACTION5CB84 - 32084 - 320
6X-RAY DIFFRACTION6CB321 - 367321 - 367
7X-RAY DIFFRACTION7AA374 - 410374 - 410
8X-RAY DIFFRACTION8CB374 - 410374 - 410
9X-RAY DIFFRACTION9AA418 - 543418 - 543
10X-RAY DIFFRACTION10CB418 - 543418 - 543
11X-RAY DIFFRACTION11AA544 - 558544 - 558
12X-RAY DIFFRACTION12CB544 - 558544 - 558
13X-RAY DIFFRACTION13AA559 - 746559 - 746
14X-RAY DIFFRACTION14CB559 - 746559 - 746
15X-RAY DIFFRACTION15AA747 - 868747 - 868
16X-RAY DIFFRACTION16CB747 - 868747 - 868
17X-RAY DIFFRACTION17AA869 - 932869 - 932
18X-RAY DIFFRACTION18CB869 - 932869 - 932
19X-RAY DIFFRACTION19AA933 - 1031933 - 1031
20X-RAY DIFFRACTION20CB933 - 1031933 - 1031
21X-RAY DIFFRACTION21AA1032 - 10661032 - 1066
22X-RAY DIFFRACTION22CB1032 - 10661032 - 1066

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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