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- PDB-3dxr: Crystal structure of the yeast inter-membrane space chaperone ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dxr
タイトルCrystal structure of the yeast inter-membrane space chaperone assembly TIM9.10
要素
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Alpha-Propeller / Helix-Turn-Helix / Intramolecular Disulfides. / Chaperone / Inner membrane / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Translocation / Transport / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / Mitochondrial protein import / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Webb, C.T. / Gulbis, J.M.
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2009
タイトル: Structural and functional requirements for activity of the Tim9-Tim10 complex in mitochondrial protein import
著者: Baker, M.J. / Webb, C.T. / Stroud, D.A. / Palmer, C.S. / Frazier, A.E. / Guiard, B. / Chacinska, A. / Gulbis, J.M. / Ryan, M.T.
履歴
登録2008年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8182
ポリマ－20,8182
非ポリマー00
水77543
1
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10

A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10

A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4556
ポリマ－62,4556
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area13350 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
2
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,91112
ポリマ－124,91112
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area33700 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area36940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.198, 58.198, 243.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9


分子量: 10360.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIM9 / プラスミド: PGEX-4T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami DE3 pLysS / 参照: UniProt: O74700
#2: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10 / Mitochondrial intermembrane protein MRS11


分子量: 10457.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MRS11, TIM10 / プラスミド: PGEX-4T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami DE3 pLysS / 参照: UniProt: P87108
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.42 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, 3M Na Formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月12日 / 詳細: Single Silicon (111) monochromator
放射モノクロメーター: Silicon (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 19.8 / 数: 40039 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 5723 / % possible obs: 97.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385089.910.0861.0896.2
4.275.3895.510.0720.9956.9
3.734.2798.110.091.0057
3.393.7398.810.0841.0327.1
3.153.3998.810.0831.0087.1
2.963.1599.310.0971.0287.1
2.822.9699.510.1391.0167.2
2.692.8299.510.1831.0767.1
2.592.6999.810.2891.0057.2
2.52.5999.710.40.9777.1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 5852 / Num. obs: 5723 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 5.47 / Num. unique all: 570 / Rsym value: 0.4 / Χ2: 0.977 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BSK

2bsk


解像度: 2.5→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum likelihood refinement in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 294 5 %5 % random.
Rwork0.245 ---
all0.247 5852 --
obs0.247 5721 97.6 %-
溶媒の処理Bsol: 92.938 Å2
原子変位パラメータBiso max: 153.34 Å2 / Biso mean: 78.151 Å2 / Biso min: 35.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.787 Å22.759 Å20 Å2
2--2.787 Å20 Å2
3----5.574 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0 Å0 Å
Luzzati d res low-0 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1029 0 0 43 1072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.112
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.001
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 38 -
Rwork0.274 --
obs-707 99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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