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万見
- PDB-3dxg: Ribonuclease A- uridine 5' phosphate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dxg
タイトルRibonuclease A- uridine 5' phosphate complex
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE / NUCLEOTIDE INHIBITOR / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Tsirkone, V.G. / Dossi, K. / Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Kontou, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Inhibitor design to Ribonuclease A: The binding of two 5'phosphate uridine analogues
著者: Tsirkone, V.G. / Dossi, K. / Drakou, C. / Zographos, S.E. / Kontou, M. / Leonidas, D.D.
履歴
登録2008年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3895
ポリマ－27,4172
非ポリマー9733
水6,431357
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3573
ポリマ－13,7081
非ポリマー6482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0332
ポリマ－13,7081
非ポリマー3241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.035, 32.299, 72.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease A / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.0448 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月17日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0448 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→30 Å / Num. all: 44340 / Num. obs: 42114 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 16.008 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル解像度: 1.39→1.42 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3122 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 2G8Q

2g8q


解像度: 1.39→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 2.472 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25398 2225 5 %RANDOM
Rwork0.20779 ---
obs0.2101 42114 94.74 %-
all-42114 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.42 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.086 Å0.099 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1907 0 63 357 2327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9642737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8475248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20825.22788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.53815338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.652158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1391.51274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7222017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5153828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3714.5719
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.75832102
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.1053357
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.93431970
LS精密化 シェル解像度: 1.393→1.429 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 164 -
Rwork0.217 2958 -
obs--91.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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