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- PDB-3dwi: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CysM, the cystein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dwi
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis CysM, the cysteine synthase B
要素Cysteine synthase B
キーワードTRANSFERASE / Cysteine synthase / Amino-acid biosynthesis / Cysteine biosynthesis / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


[CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthesis from O-phosphoserine / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / O-phosphoserine sulfhydrylase / O-phosphoserine sulfhydrylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Jurgenson, C.T. / Burns, K.E. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a sulfur carrier protein complex found in the cysteine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Jurgenson, C.T. / Burns, K.E. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2008年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase B
B: Cysteine synthase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6107
ポリマ－68,8282
非ポリマー7825
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-13.1 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.361, 85.351, 98.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B
171A
181B
191A
201B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLYGLYAA2 - 292 - 29
21THRTHRGLYGLYBB2 - 292 - 29
32GLYGLYGLYGLYAA32 - 6632 - 66
42GLYGLYGLYGLYBB32 - 6632 - 66
53PROPROALAALAAA70 - 12470 - 124
63PROPROALAALABB70 - 12470 - 124
74SERSERALAALAAA129 - 132129 - 132
84SERSERALAALABB129 - 132129 - 132
95GLUGLUALAALAAA138 - 141138 - 141
105GLUGLUALAALABB138 - 141138 - 141
116TRPTRPALAALAAA146 - 201146 - 201
126TRPTRPALAALABB146 - 201146 - 201
137VALVALALAALAAA203 - 208203 - 208
147VALVALALAALABB203 - 208203 - 208
158VALVALPROPROAA227 - 233227 - 233
168VALVALPROPROBB227 - 233227 - 233
179ILEILEGLYGLYAA235 - 284235 - 284
189ILEILEGLYGLYBB235 - 284235 - 284
1910ARGARGALAALAAA286 - 305286 - 305
2010ARGARGALAALABB286 - 305286 - 305
詳細The asymmetric unit contains one biological unit which consists of two protomers of CysM.

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase B / O-acetylserine sulfhydrylase B / O-acetylserine(Thiol)-lyase B / CSase B


分子量: 34413.770 Da / 分子数: 2 / 変異: K204A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: cysM, Rv1336, MT1377, MTCY130.21 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P63873, UniProt: P9WP53*PLUS, cysteine synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化pH: 7.1
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.1, 0.64 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9498
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月30日
放射モノクロメーター: SI(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→48.22 Å / Num. obs: 15513 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.81→2.95 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DWG, CHAIN A

3dwg


解像度: 2.81→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 13.19 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 788 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.194 15513 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4441 0 45 160 4646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2811.9796235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9365601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88122.443176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.6215662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1611541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2830.23092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3410.23216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2910.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0281.53031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51224726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23331679
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4634.51509
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1060tight positional0.110.05
893medium positional0.50.5
1060tight thermal0.20.5
893medium thermal1.012
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 59 -
Rwork0.223 1010 -
obs--94.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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