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- PDB-3dwd: Crystal structure of the ArfGAP domain of human ARFGAP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dwd
タイトルCrystal structure of the ArfGAP domain of human ARFGAP1
要素ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GAP / GTPASE ACTIVATING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (SGC) / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / GTPase activation / Metal-binding / Phosphoprotein / Protein transport / Transport / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of ARF protein signal transduction / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of endocytosis / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / Golgi membrane ...XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of ARF protein signal transduction / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of endocytosis / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / Golgi membrane / synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arf GTPase activating protein / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the ArfGAP domain of human ARFGAP1
著者: Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2008年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein 1
B: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8316
ポリマ－33,7002
非ポリマー1314
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.422, 82.422, 81.008
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
詳細THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS MACROMOLECULE IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein 1 / ADP-ribosylation factor 1 GTPase-activating protein / ARF1 GAP / ARF1-directed GTPase-activating ...ADP-ribosylation factor 1 GTPase-activating protein / ARF1 GAP / ARF1-directed GTPase-activating protein / GAP protein


分子量: 16850.082 Da / 分子数: 2 / 断片: Arf-GAP domain, UNP residues 1-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARFGAP1, ARF1GAP / プラスミド: pET28a-LIC (GI:145307000) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-V2R / 参照: UniProt: Q8N6T3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 3.5M Sodium Formate, 0.1M Tris, 1:100 chymotrypsin, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12298 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.3 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.446.50.6535910.91198.3
2.44-2.4970.66170.901199.5
2.49-2.537.20.5856130.9251100
2.53-2.597.50.5676240.921100
2.59-2.647.60.4416130.9721100
2.64-2.77.60.3676150.9791100
2.7-2.777.70.2946050.9571100
2.77-2.857.60.2796170.9951100
2.85-2.937.60.2096031.0261100
2.93-3.027.60.1776241.05199.8
3.02-3.137.50.1296101.091199.8
3.13-3.267.60.116191.141199.8
3.26-3.417.60.0926161.223199.8
3.41-3.587.50.0766181.255199.8
3.58-3.817.60.0596021.33199.8
3.81-4.17.60.0556271.62199.7
4.1-4.527.50.0636132.163199.5
4.52-5.177.50.0666172.546199.4
5.17-6.517.30.0576241.862199
6.51-507.30.0376302.06197.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.21 Å
Translation2.5 Å41.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
直接法位相決定
MolProbityモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2gf9

2gf9


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.222 / SU B: 23.85 / SU ML: 0.244 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 588 4.794 %thin shells
Rwork0.234 ---
obs0.236 12266 99.537 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.321 Å2-1.16 Å20 Å2
2---2.321 Å20 Å2
3---3.481 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 0 4 11 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211806
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.9262445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9243.0072886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2175226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52123.65982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08715272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7751511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.30921138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3242466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02531791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5362668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1813654
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.46200.28188589998.443
2.462-2.5290.325720.27880087399.885
2.529-2.6020.418450.29181085799.767
2.602-2.68100.29383183299.88
2.681-2.7680.325620.26374280599.876
2.768-2.8650.289520.264721773100
2.865-2.9720.364490.259711760100
2.972-3.0920.296460.23766871599.86
3.092-3.22800.25970470599.858
3.228-3.3830.218300.23462665899.696
3.383-3.5640.242320.23360463899.687
3.564-3.7770.285340.2156459999.833
3.777-4.0330.228320.18953456799.824
4.033-4.3490.219440.18748553199.623
4.349-4.7550.216180.20746848899.59
4.755-5.2990.27180.22242644899.107
5.299-6.0870.275250.22636539498.985
6.087-7.380.349130.25132234198.24
7.38-10.1350.253100.21525327097.407
10.135-300.25860.2515917097.059
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.28222.9208-1.3299.9794-1.883.76660.0166-0.2826-0.86690.7418-0.076-0.7078-0.2738-0.22810.05940.08070.0244-0.03840.04420.03030.198430.6908-9.39060.1581
24.7281.60510.58777.99021.85582.9756-0.0068-0.00350.876-0.3478-0.08110.3805-0.3787-0.29220.08790.15360.03790.00870.1217-0.01890.230930.0409-12.3032-38.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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