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万見
- PDB-3dv2: Crystal Structure of nicotinic acid mononucleotide adenylyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dv2
タイトルCrystal Structure of nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase from Bacillus anthracis
要素Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha and beta protein / Rossmann fold / NAD / Nucleotidyltransferase / Pyridine nucleotide biosynthesis
機能・相同性HUPs / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lu, S. / Smith, C.D. / Yang, Z. / Pruett, P.S. / Nagy, L. / McCombs, D.P. / DeLucas, L.J. / Brouillette, W.J. / Brouillette, C.G.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2008
タイトル: Structure of nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase from Bacillus anthracis.
著者: Lu, S. / Smith, C.D. / Yang, Z. / Pruett, P.S. / Nagy, L. / McCombs, D. / Delucas, L.J. / Brouillette, W.J. / Brouillette, C.G.
履歴
登録2008年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
B: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
C: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
D: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,28812
ポリマ－93,5194
非ポリマー7698
水2,324129
1
C: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
D: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1446
ポリマ－46,7602
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
2
A: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
B: Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1446
ポリマ－46,7602
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.073, 100.586, 73.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nicotinate (Nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase


分子量: 23379.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: nadD / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6HT60, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.1M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 2% PEG400, 10mM magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25.15 Å / Num. all: 38428 / Num. obs: 37472 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 88.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KAM

1kam


解像度: 2.3→25.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 566579 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1775 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 35501 93.4 %-
all-38021 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.93 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.22 Å20 Å2-2.43 Å2
2--11.03 Å20 Å2
3---1.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6164 0 40 129 6333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 235 4.4 %
Rwork0.275 5078 -
obs--84.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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