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万見
- PDB-3dv0: Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dv0
タイトルSnapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex
要素
  • (Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit ...) x 2
  • Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / Oxidoreductase / PYRUVATE / DEHYDROGENASE / DIHYDROLIPOYL / ACETYL TRANSFERASE / MULTIENZYME COMPLEX / TRANSFERASE / Glycolysis / Phosphoprotein / Thiamine pyrophosphate / Acyltransferase / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / lipoic acid binding / branched-chain amino acid catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha/BCKADH E1-alpha / E3-binding domain / : / Dihydrolipoamide Transferase / : / Transketolase, C-terminal domain / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain ...Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha/BCKADH E1-alpha / E3-binding domain / : / Dihydrolipoamide Transferase / : / Transketolase, C-terminal domain / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Biotin-requiring enzyme / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Thiamin diphosphate-binding fold / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRUVIC ACID / Chem-TPW / Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pei, X.Y. / Titman, C.M. / Frank, R.A.W. / Leeper, F.J. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multienzyme complex
著者: Pei, X.Y. / Titman, C.M. / Frank, R.A. / Leeper, F.J. / Luisi, B.F.
履歴
登録2008年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
B: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
C: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
D: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
E: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
F: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
G: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
H: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
I: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
J: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,01126
ポリマ－400,84010
非ポリマー2,17216
水17,835990
1
A: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
B: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
C: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
D: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
I: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,59414
ポリマ－200,4205
非ポリマー1,1749
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23630 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area43430 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
F: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
G: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha
H: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta
J: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,41812
ポリマ－200,4205
非ポリマー9987
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23000 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area43950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.312, 232.820, 92.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H
13I
23J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRSERSERAA4 - 3675 - 368
21THRTHRLYSLYSCC4 - 3685 - 369
31THRTHRSERSEREE4 - 3675 - 368
41THRTHRSERSERGG4 - 3675 - 368
12ALAALAPHEPHEBB1 - 3242 - 325
22ALAALAPHEPHEDD1 - 3242 - 325
32ALAALAPHEPHEFF1 - 3242 - 325
42ALAALAPHEPHEHH1 - 3242 - 325
13VALVALALAALAII129 - 168129 - 168
23VALVALALAALAJJ129 - 168129 - 168

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha


分子量: 41518.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: pdhA / プラスミド: pKBstE1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 recO
参照: UniProt: P21873, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
#2: タンパク質
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta


分子量: 35495.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: pdhB / プラスミド: pKBstE1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 recO
参照: UniProt: P21874, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 IJ

#3: タンパク質 Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / E2 / Dihydrolipoamide acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex


分子量: 46392.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: pdhC / プラスミド: pKBstE1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 recO
参照: UniProt: P11961, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1006分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-TPW / 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 3-DEAZA-THDP


分子量: 423.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N3O7P2S
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 990 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.58 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10-15% PEG 4K, 0.2 M imidazole malate pH 5 in the presence of 5 mM 3-deazaThDP. The crystals were soaked with 10mM pyruvate for 3-day, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→85 Å / Num. all: 110903 / Num. obs: 110687 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1w85

1w85


解像度: 2.5→72.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24052 4664 4.9 %RANDOM
Rwork0.1726 ---
obs0.17594 90417 96.21 %-
all-90276 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6 Å20 Å2-0.2 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----2.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.283 Å0.215 Å
Luzzati d res low-2.5 Å
Luzzati sigma a0.281 Å0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→72.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21519 0 126 990 22635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02222058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.97429864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.13552760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.13524.6121019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.371153748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.80915138
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.23302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.212456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.215561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9781.513772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.509222137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.04338286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.4494.57727
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2672loose positional0.435
12C2672loose positional0.425
13E2672loose positional0.485
14G2672loose positional0.455
21B2488loose positional0.365
22D2488loose positional0.335
23F2488loose positional0.375
24H2488loose positional0.365
31I196loose positional0.575
11A2672loose thermal8.7910
12C2672loose thermal10.5610
13E2672loose thermal14.3910
14G2672loose thermal7.1710
21B2488loose thermal5.1910
22D2488loose thermal8.7510
23F2488loose thermal12.1310
24H2488loose thermal5.8110
31I196loose thermal5.6310
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 258 -
Rwork0.254 5168 -
obs--74.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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