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万見
- PDB-3dut: The high salt (phosphate) crystal structure of deoxy hemoglobin E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dut
タイトルThe high salt (phosphate) crystal structure of deoxy hemoglobin E (GLU26LYS) at physiological pH (pH 7.35)
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN BINDING / hemoglobin E oxygen transport beta thalassemia physiological / Disease mutation / Glycation / Glycoprotein / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport / Hypotensive agent / Pyruvate / S-nitrosylation / Vasoactive
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Balazs, T.C. / Almo, S.C. / Hirsch, R.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The high salt (phosphate) crystal structure of deoxy hemoglobin E (GLU26LYS) at physiological pH (pH 7.35)
著者: Malashkevich, V.N. / Balazs, T.C. / Almo, S.C. / Hirsch, R.E.
履歴
登録2008年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年11月27日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,73710
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6566
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area22980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.256, 79.632, 62.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin alpha chain / Alpha-globin


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin beta chain / Beta-globin / LVV-hemorphin-7


分子量: 15890.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.35
詳細: 1.65 M potassium phosphate, 0.05 M Bis-Tris, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X3A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 14.6 / 数: 355222 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.09 / D res high: 1.43 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 89125 / % possible obs: 93.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.085094.610.0270.7814.1
2.453.0898.710.0381.0234.3
2.142.4598.110.0511.2154.3
1.942.1497.610.0731.1744.3
1.81.9497.210.1231.1644.2
1.71.896.610.2141.1684.1
1.611.79610.3311.0614
1.541.6195.410.4671.0223.9
1.481.5492.610.6070.9723.6
1.431.487210.651.4112.9
反射解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 89125 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.43-1.482.90.6568011.411172
1.48-1.543.60.60787420.972192.6
1.54-1.613.90.46790121.022195.4
1.61-1.740.33191161.061196
1.7-1.84.10.21491521.168196.6
1.8-1.944.20.12392061.164197.2
1.94-2.144.30.07392431.174197.6
2.14-2.454.30.05193311.215198.1
2.45-3.084.30.03893911.023198.7
3.08-504.10.02791310.781194.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 49.17 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å25 Å
Translation2.5 Å25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→9.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.744 / SU B: 6.014 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 3587 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.221 71979 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.22 Å2 / Biso mean: 27.598 Å2 / Biso min: 10.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 182 430 4996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9362.0626495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6555578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26423.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31915715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2281512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3373.52870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.225504598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.909501859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6634.51893
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 239 -
Rwork0.29 4855 -
all-5094 -
obs--95.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2886-0.18370.02780.16310.08970.73860.0095-0.1277-0.0115-0.010.02690.04410.0895-0.0658-0.0364-0.0033-0.02540.0033-0.02020.02070.0073-1.33244.603627.9715
20.25980.16850.13150.1283-0.00490.58360.0334-0.18530.0682-0.00030.01440.0051-0.05570.1616-0.0478-0.0158-0.01180.01420.029-0.0422-0.018818.769119.08630.6827
31.0348-0.1164-0.16550.0147-0.00140.27740.0007-0.0456-0.188-0.03330.00320.02210.05190.151-0.00390.00120.0308-0.0061-0.0248-0.00330.012220.8915-0.79587.0389
40.9704-0.10740.13280.04450.1340.69640.01030.11560.0545-0.0136-0.00930.1192-0.04840.1165-0.0010.0373-0.006-0.0068-0.0990.01190.02154.685716.0973-0.0342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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