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万見
- PDB-3dul: Crystal Structure Analysis of the O-methyltransferase from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dul
タイトルCrystal Structure Analysis of the O-methyltransferase from Bacillus cereus
要素O-methyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / alternating of alpha and beta / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-methyltransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cho, J.-H. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural and functional insights into O-methyltransferase from Bacillus cereus
著者: Cho, J.-H. / Park, Y. / Ahn, J.-H. / Lim, Y. / Rhee, S.
履歴
登録2008年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase, putative
B: O-methyltransferase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5432
ポリマ－49,5432
非ポリマー00
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.900, 64.400, 86.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 O-methyltransferase, putative / OMT


分子量: 24771.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_2045 / プラスミド: pET28a_TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q739U3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M citric acid, 1.0M LiCl, 2% PEG 6000, 3% dioxane as an additive, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97929, 0.97942, 0.97162
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月8日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979421
30.971621
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 45976 / Num. obs: 40986 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 4505 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: using a random selection of data / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 4123 9 %RANDOM
Rwork0.239 36863 --
obs-40986 89.1 %-
溶媒の処理Bsol: 47.367 Å2
原子変位パラメータBiso max: 50.98 Å2 / Biso mean: 26.86 Å2 / Biso min: 9.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.434 Å20 Å2-0.547 Å2
2---1.326 Å20 Å2
3----0.108 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3169 0 0 229 3398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.937
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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