PDB-3duk: CRYSTAL STRUCTURE OF A NTF2-LIKE PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION (MFL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3duk

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A NTF2-LIKE PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION (MFLA_0564) FROM METHYLOBACILLUS FLAGELLATUS KT AT 2.200 A RESOLUTION

要素

NTF2-like protein of unknown function

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / NTF2-LIKE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

Putative lumazine-binding / Putative lumazine-binding / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Lumazine-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Methylobacillus flagellatus KT (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NTF2-like protein of unknown function (YP_544675.1) from METHYLOBACILLUS FLAGELLATUS KT at 2.200 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3duk.cif.gz	298.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3duk.ent.gz	245.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3duk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3duk_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3duk_full_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示
XML形式データ	3duk_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	3duk_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/3duk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/3duk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pw9-1 6h9g-2 2w8t-d 3k94-1 5dyb-d 3bq0-d 2uyt-d 1wst-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 378221

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NTF2-like protein of unknown function

B: NTF2-like protein of unknown function

C: NTF2-like protein of unknown function

D: NTF2-like protein of unknown function

E: NTF2-like protein of unknown function

F: NTF2-like protein of unknown function

ヘテロ分子

84.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NTF2-like protein of unknown function

B: NTF2-like protein of unknown function

C: NTF2-like protein of unknown function

D: NTF2-like protein of unknown function

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: NTF2-like protein of unknown function

F: NTF2-like protein of unknown function

ヘテロ分子

E: NTF2-like protein of unknown function

F: NTF2-like protein of unknown function

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.030, 103.030, 130.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
2	1	1	chain B and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
1	1	2	chain A and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
2	1	2	chain C and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
1	1	3	chain A and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
2	1	3	chain D and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
1	1	4	chain A and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
2	1	4	chain E and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
1	1	5	chain A and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)
2	1	5	chain F and (not resid 0:10) and (not resid 90-110) and (not element H)

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	NTF2-like protein of unknown function 分子量: 13970.239 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus KT (バクテリア) 遺伝子: YP_544675.1, Mfla_0564 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1H3V3
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20.0% 2-propanol, 30.0% polyethylene glycol 4000, 0.1M citric acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97932,0.97911

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月1日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97932	1
3	0.97911	1

Reflection twin

Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.295

反射

解像度: 2.2→29.981 Å / Num. obs: 41254 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 33.32 Å² / Net I/σ(I): 12.85

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.28	0.592	2.6	97.6
2.28-2.37	0.52	2.9	99.8
2.37-2.48	0.428	3.5	99.9
2.48-2.61	0.33	4.5	99.9
2.61-2.77	0.254	5.8	99.9
2.77-2.98	0.169	8.6	99.8
2.98-3.28	0.112	12.6	99.9
3.28-3.76	0.063	20.8	99.8
3.76-4.72	0.038	31.2	99.9
4.72-29.98	0.031	35.4	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.981 Å / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN FULL B FACTORS INCLUDING TLS CONTRIBUTIO 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	2061	5 %
R_work	0.1629	-	-
obs	0.1653	41218	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.427 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.479 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-19.479 Å²	0 Å²
3-	-	-	-34.278 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5745	0	33	216	5994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11355
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.572	20385
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.267	2663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	906
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1836

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	695	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	695	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.247
2	1	A	694	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	694	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.219
3	1	A	698	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	698	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.312
4	1	A	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	E	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.318
5	1	A	699	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	F	699	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1998-2.2377	0.2958	100	0.2204	1864	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2377-2.2784	0.2448	102	0.2156	1928	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2784-2.3222	0.2723	101	0.213	1913	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3222-2.3696	0.2325	103	0.2163	1928	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3696-2.4211	0.3028	102	0.2059	1958	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4211-2.4774	0.2184	101	0.1973	1950	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4774-2.5393	0.2889	100	0.1991	1936	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5393-2.6079	0.2244	100	0.1899	1942	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6079-2.6846	0.2595	103	0.1901	1956	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6846-2.7712	0.2167	105	0.1852	1954	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7712-2.8702	0.238	107	0.1776	1952	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8702-2.985	0.2081	99	0.1657	1938	X-RAY DIFFRACTION	98
2.985-3.1207	0.2417	102	0.1763	1971	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1207-3.2851	0.231	98	0.1639	1939	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2851-3.4906	0.2009	104	0.1599	1980	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4906-3.7597	0.1706	105	0.1451	1950	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7597-4.1371	0.1668	108	0.1304	1996	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1371-4.7338	0.1494	105	0.1168	1988	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7338-5.9564	0.2117	104	0.1376	2024	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9564-29.9839	0.2177	110	0.1654	2092	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3923	-0.4652	-0.1218	1.0217	0.1222	0.811	-0.0653	-0.0068	0.0725	0.0594	-0.0643	-0.1154	0.157	-0.0759	0.1021	0.5029	-0.0017	0.0112	0.4379	0.0019	0.4543	-4.6577	43.1848	44.6015
2	0.3902	0.3054	0.0608	-0.5734	0.1549	1.2559	-0.1044	0.0056	0.2088	-0.0527	0.0544	-0.0564	-0.5167	0.2083	0.0319	0.7108	-0.0331	-0.0072	0.4772	-0.0064	0.6108	4.4596	75.0736	43.6763
3	-0.882	0.4977	-0.7589	0.8566	0.4436	2.1269	-0.0652	-0.0952	-0.0414	-0.0253	0.1096	-0.2085	-0.1485	0.5871	-0.0772	0.4539	0.0149	-0.0178	0.6558	-0.0399	0.6209	16.7043	59.836	50.1327
4	0.6518	-0.6349	-0.2811	1.6394	0.2604	0.3135	-0.1241	-0.0745	0.0341	0.1839	0.017	0.0344	0.0123	-0.206	0.0697	0.4819	0.0189	-0.022	0.5354	-0.012	0.4484	-16.4874	58.6593	50.9013
5	0.1677	-0.0781	0.3132	1.0967	-0.4535	1.5044	-0.0602	-0.2303	-0.072	0.042	0.0461	0.2016	0.0119	-0.559	0.0181	0.4905	0.0295	0.0035	0.6981	-0.0143	0.5075	35.0242	87.854	63.111
6	0.8713	0.0034	0.4839	0.4188	-0.5048	0.387	-0.1482	-0.1468	0.1491	0.0462	-0.0267	0.0218	-0.5474	-0.2629	0.163	0.6385	0.1095	-0.0605	0.589	-0.0305	0.4474	45.171	104.7208	69.2458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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