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万見
- PDB-3du0: E. coli dihydrodipicolinate synthase with first substrate, pyruva... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3du0
タイトルE. coli dihydrodipicolinate synthase with first substrate, pyruvate, bound in active site
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / alpha/beta barrel / TIM barrel / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Lysine biosynthesis / Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dobson, R.C.J. / Devenish, S.R.A. / Gerrard, J.A. / Jameson, G.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: The high-resolution structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli bound to its first substrate, pyruvate.
著者: Devenish, S.R. / Gerrard, J.A. / Jameson, G.B. / Dobson, R.C.
履歴
登録2008年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22019年12月18日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,32213
ポリマ－62,7482
非ポリマー57411
水9,404522
1
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,64526
ポリマ－125,4964
非ポリマー1,14922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area40480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.950, 120.950, 110.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 292 / Label seq-ID: 3 - 292

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase / DHDPS


分子量: 31373.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dapA, b2478, JW2463 / プラスミド: pBluescript KS+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AT997 recA- / 参照: UniProt: P0A6L2, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: 1.8M K2HPO4, N-octyl-beta-(R)-glucopyranoside, pH 10, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月15日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.14 Å / Num. obs: 62822 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.08 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.14 Å33.28 Å
Translation2.14 Å33.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→32.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.424 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 3143 5 %RANDOM
Rwork0.188 59670 --
obs0.191 62813 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.69 Å2 / Biso mean: 27.838 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4390 0 26 522 4938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.9776261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5625610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51424.574188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05415779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.641529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.22293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1030.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1561.52959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88824792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3731647
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7694.51457
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2113 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.261
MEDIUM THERMAL2.262
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 185 -
Rwork0.317 4423 -
all-4608 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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