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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dtq | ||||||
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タイトル | Engineered human lipocalin 2 with specificity for Y-DTPA, apo-form | ||||||
![]() | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / protein design / ligand binding protein / beta barrel / engineered lipocalin / de novo protein / protein binding / Glycoprotein / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eichinger, A. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-affinity recognition of lanthanide(III) chelate complexes by a reprogrammed human lipocalin 2. 著者: Kim, H.J. / Eichinger, A. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21302.111 Da / 分子数: 3 変異: Q28H, V33Q, L36R, I41A, Y52T, T54Q, S68A, L70R, W79A, I80T, R81M, C87S, K134S, Y138L, T145A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris/HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→82.479 Å / Num. obs: 27785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 2.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3974 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1X71 解像度: 2.5→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.778 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 64.942 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.79 Å2 / Biso mean: 38.554 Å2 / Biso min: 5.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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